| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,604,237 | 0 | C | T | 31.4% | 67.3 / 16.7 | 51 | S64L (TCG→TTG) | lsrD | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/24); new base T (16/0); total (27/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.92e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.51e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑C‑ATTGGGCGT‑ACT‑GTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCC‑TGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGAT‑‑CAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGGCACGCTGTATCTGTTTGCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGG > NC_000913/1603991‑1604486 | aCGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGttt < 2:440582/251‑1 (MQ=255) gCCATACGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTCCCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGGTATTTTGTTT‑GGttgacg > 2:553082/1‑247 (MQ=255) ccGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTATCGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATc < 1:67893/250‑1 (MQ=255) gTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTttgttt‑tgtttggccctcggc > 1:40154/1‑240 (MQ=255) gCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATAGGCCTCTGCGcc > 1:505210/1‑251 (MQ=255) cAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTAGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGAGATTGTCAGTGGCGGGTTCGATATTTCGTTT‑TGTTCTACCCTCGGCCCCTCCGcccctgcct > 2:568926/1‑244 (MQ=255) aGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTGCGACCATCGGCCTCTGCGCcattg‑c‑att < 2:436297/251‑1 (MQ=255) aaaaaCGGGAGTCCGCATAATGCTTATTCGCTACGGTTGGGAAGTGGCTCTGGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTGCAGCGCCAGTGGCTTTATCTGCTGTGGCATTGGCTGCCTACCGCTACCTACGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATGTCGATT‑GGTTCGACCATCGGCCTCGGCGCcatgtcagtgggcg < 2:254505/251‑12 (MQ=255) aaaaCGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGAGCGTTATTTCGTTT‑GGGTCGGCCAACGGCCTCTGCGCCCTTG‑G‑ATTgggggg > 1:113163/1‑248 (MQ=255) aaaCGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGGTCTTTCTTTT‑TGTTTGACCCTCCGCCCCTCCGCcattg‑c‑atttgggggg > 2:67547/1‑244 (MQ=255) gggAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTCTTTT‑TGTTCGGCCCTCGGCCTCTGCGCCCTTG‑C‑ATTGGGGGG‑ACT‑Gt > 1:585967/1‑251 (MQ=255) cATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGttt < 1:212014/199‑1 (MQ=255) aaTGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑C‑ATTGGGCGT‑ACT‑GTTTCAAAgtggtg < 1:11488/251‑1 (MQ=255) aaTGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑C‑ATTGGGCGT‑ACT‑GTTTCAAAgtggt < 1:553082/250‑1 (MQ=255) aCGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTTTGTT‑GGTTCGACCATCCGCCTCTGCGCCATTG‑C‑CTTGGGGGT‑ACT‑GGTTTTAAGGGGGGTGCCGATGCCGCtt > 1:6212/1‑250 (MQ=255) ggTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑C‑ATTGGGCGT‑ACT‑GTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGc < 2:578258/251‑1 (MQ=255) gTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTCGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTCGTTT‑TGTTCTGCCCTCTGCCTCTGCGCCCTTG‑CTATTGG‑CGT‑TCT‑GTTTCAAAGTGGTGTGCCGCTGCCGCTgggg > 1:524223/1‑249 (MQ=255) gTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑C‑ATTGGGCGT‑ACT‑GTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCg < 1:67547/251‑1 (MQ=255) gggAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTTGTTT‑TGTTCGACCCTCGGCCTCTGCGCCCTTT‑C‑ATTTGGCGT‑ACT‑GTTTCAAAATGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGAt > 1:243095/1‑250 (MQ=255) gCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑C‑ATTGGGCGT‑ACT‑GTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCC‑TGAc < 2:8092/251‑1 (MQ=255) cACTGCTCGTTATTGAGATTGTCTCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGGTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGGCAGTGGCGGGAGCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGTCCTCTGCGCCATTG‑C‑ATTGGTCGT‑ACT‑GTTTCAAAGTGCTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACGCC‑TGACCTTACTGCTc < 2:356507/251‑1 (MQ=255) gTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTT‑GGTTTGACCATCGGCCTCTGCGCCCTTG‑T‑ATTGGGCGG‑ACT‑GTTTCACAGTGGGGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCC‑TGGCCTTACTGCTCGGCGCAtt > 1:110283/1‑251 (MQ=255) ttATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGCTCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTTGTTT‑GGTTCGCCCAACCGCCCCTGGGCCATTG‑C‑ATTTGGCGT‑GCT‑GTTTTCAAGTGGGGGGCCGATGCCACTGGCGATACTCC‑TGACCTTACTGCTCGGCGCATtg > 1:391636/1‑251 (MQ=255) aTTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGTCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCGCTGCGCCATGG‑C‑ATTGGGCGT‑ACT‑GTTTCAAAGTTGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCC‑TGACCTTACTGCTCGGCGCATtgtg < 1:291121/251‑1 (MQ=255) gCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCTTTT‑TGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCCTTG‑C‑ATTGGGCGT‑ACT‑GTTTTAAAATGGGGTGCCGCTGCCGCTGGCGATACTAC‑TGACCTTTCTGCTCGGGGGCTTGTGCGGGCTGGT‑‑Ca > 1:455832/1‑250 (MQ=255) cATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑C‑ATTGGGCGT‑ACT‑GTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCC‑TGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGAT‑‑CAAc < 1:146232/251‑1 (MQ=255) tttGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑C‑ATTGGGCGT‑ACT‑GTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCC‑TGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGAT‑‑CAACg < 2:184425/250‑1 (MQ=255) tGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑C‑ATTGGGCGT‑ACT‑GTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCC‑TGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGAT‑‑CAACGcc < 2:243095/250‑1 (MQ=255) 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cAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTTGTTT‑TGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCCTTG‑C‑CTTTGGGGG‑ACT‑GTTTCAAAGTGGTGGGCCGATGCCGCTTGCGGTAATAC‑TCACCTTACTGCTCGGCGCCTTGTGCGGGCTGGT‑‑CAACGCCGGGTTAATTTTTTATTCCAAAATTAAACCGc > 1:295314/1‑251 (MQ=255) cAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGGTCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCCTCGGCCTCTGCGCCATTT‑C‑ATTGGGCGT‑ACT‑GTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGGTACTCC‑CGACCTTACTGCCCGGCGCAATGTGCGGGGTGGT‑‑CCACGCCGGGGTAATTATCTATACCAAAGTTAAACCGc > 1:328664/1‑251 (MQ=255) atatGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGAACCGATATTTTGTTTTGTTTCG‑CCCTCCGCCTTTGCGCCCTTT‑C‑ATTGGGGGT‑ACT‑GTTTCAAAGGGGGGTTCCGATGCCGCTGGCGATAATCC‑TTACCTTTCTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGGT‑‑CAACCCCGGGTTAATTTTTTTTACCAAAATTAAccccccc > 1:367823/1‑247 (MQ=255) 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cGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑C‑ATTGGGCGT‑ACT‑GTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCC‑TGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGAT‑‑CAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGGCACGCTGTATCTGTTTGCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATtggtgg < 2:479105/250‑1 (MQ=255) | ACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTGCTGTTCAGCACCAGTGACTTTATCTGCATTGGCATTGTCGCCCTACCGCTAACGATGGTGATTGTCAGTGGCGGGATCGATATTTCGTTT‑GGTTCGACCATCGGCCTCTGCGCCATTG‑C‑ATTGGGCGT‑ACT‑GTTTCAAAGTGGTGTGCCGATGCCGCTGGCGATACTCC‑TGACCTTACTGCTCGGCGCATTGTGCGGGCTGAT‑‑CAACGCCGGATTAATTATCTATACCAAAGTTAACCCGCTGGTGATTACGCTTGGCACGCTGTATCTGTTTGCCGGAAGCGCTCTGCTGCTTTCCGGTATGGCCGGAGCGACGGGGTACGAAGGTATTGGTGG > NC_000913/1603991‑1604486 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |