| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,560,455 | +G | intergenic (+589/+167) | rtcR → / ← glpG | DNA‑binding transcriptional activator RtcR/rhomboid protease GlpG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,560,455 | 1 | . | G | 97.3% | 270.7 / ‑5.6 | 73 | intergenic (+589/+167) | rtcR/glpG | DNA‑binding transcriptional activator RtcR/rhomboid protease GlpG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); major base G (36/35); minor base T (0/2); total (36/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
TTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGC‑TGTGATTGAGCAGTG‑CGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCG‑AGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGGC‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCC > NC_000913/3560212‑3560699 | tttacactCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGC‑TGTGATTGAGCAGTG‑CTGGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGAAAAACAGCTTCG‑AGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCTCTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGGcgcag < 1:317545/241‑5 (MQ=255) tccaaTCAACGTTTTAGCAACGTTGGGTTTGTTGGGGACAATGCGCAAATTGC‑TGGTATTGAGAAGGG‑CGTGCGCTCCCCCTCCCGGGGTGGTGCCGATATCGATAAACACCGTCG‑ATCCATGGGGGATTTGCTCCTCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGCCGGGGTGGCCTTGCAATCGGGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAGGGCAGCGCCGCCCCGCCATGATGGCTCAGGATc < 2:566766/246‑1 (MQ=255) aTCAACGTGTTAGCACCGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGC‑TGTGATTGAGCAGTG‑CGTGCGCTAACGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCG‑AGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGACCTGGAAGGCAGCGCCGCACCGACATGATGGCGCAGGATCAGGtt > 2:56648/1‑251 (MQ=255) atggtgtTAGCAACGTGGATATTGTTGGTGACAATGCG‑AAATTGGGTGTGTTTGAGCAGTG‑CGTGCGCTCCCGCTTCGGGGGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCG‑AGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCCCTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCGGGTTGGCCTTGCGATCGTGCCACGG‑CGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGAGGGCGCAGGATCAGGTTTTg < 2:523306/248‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |