| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,635,658 | T→C | D46D (GAT→GAC) | creA → | PF05981 family protein CreA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,635,658 | 0 | T | C | 92.9% | 26.3 / ‑3.9 | 14 | D46D (GAT→GAC) | creA | PF05981 family protein CreA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (9/4); total (10/4) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
AAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGC > NC_000913/4635431‑4635880 | aaaTAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTATTTTCCGTGAAGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCTTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTGTGACGATCCCGATGTGAAAAATGTCAc < 2:25367/251‑1 (MQ=255) ttttGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGACGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGa < 1:252718/245‑1 (MQ=255) ttttGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGACGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCggg > 1:266921/1‑251 (MQ=255) ttttGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGACGATCCCGATGAGAAAAATGTCACCTGTTATGTGa > 2:252718/1‑245 (MQ=255) aaTCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAACTACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCATGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCCTGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGACGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTTTGTGATCCGGGCGAAAAcagg > 2:124395/1‑248 (MQ=255) aaTTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGACGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACAGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCgg < 1:65131/251‑1 (MQ=255) gtgtAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGCTCCCGTCCTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGCCACCGTATTTAAAATGATCGGCCCAGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGACGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAACCAGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATaac > 1:17482/1‑249 (MQ=255) aGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGTGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGACGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACAGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACATCCGATGCGGCTATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCg > 2:48352/1‑251 (MQ=255) gCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGGCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGACGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACAGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCTATTTCTGGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCTGATCGTATTAAAAACGGc > 2:128804/1‑250 (MQ=255) atttgTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGACGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACAGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCTATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCaaaaa < 1:7008/247‑1 (MQ=255) gACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGTATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACAGGTGGTATTAAAGGAGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGAAGCTATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGAGCGTATTAAAAACAGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCAATAAACGCACGTACCt > 1:98944/1‑251 (MQ=255) aTTTAAAATGATCGGCCCGGATCACCAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGACGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGACAACAGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCTATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCAACAAACGCACGTCCCTGGTCttt > 2:268510/1‑250 (MQ=255) cGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGACGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACAGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCTATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTg > 2:70398/1‑251 (MQ=255) aTCACACAATTGTTGTGGAAGCCTTTGACGATACCGATGTGAAACATGTCACATGTTATGCGAGCCGGGCGAAAACAGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGCGGCGGCTATTTCTTGTCAGCCAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTAAGGGCGAGGTAGAATTCAAAAAACGCACGTCACTGGTCTTTACGTCGTTACAGGTCGTgcgc > 2:258271/1‑251 (MQ=255) | AAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGC > NC_000913/4635431‑4635880 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |