| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,623,680 | G→A | R146R (CGC→CGT) | lplA ← | lipoate‑‑protein ligase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,623,680 | 0 | G | A | 97.1% | 98.5 / ‑4.5 | 36 | R146R (CGC→CGT) | lplA | lipoate‑‑protein ligase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (19/15); total (20/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.53e-01 | |||||||||||
TTGTTCGGGGAGATGATTTCCGCTTCCACGCGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTCGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTGAGGTCGGCATTGAGTAGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCGCGATCTTTGGTTTCGCGATAGGCCGAGCCTGAGACTTTGCGGTCGCCTTCGACGGTTTTCACCACCAGATCGTTACGTCCGGACGCTTCGGCGCTGACGCCGAGCGCGTTCAGCGCATTGAGCACAATCGACGTGGAGATAGTTTTATCGTACTCCGGCTTGCCAGCCATAAAGGTAAAGCAGGTATTGCCGAGATCGTGGAACACCGCGCCGCCACCGCTACTGCGCCGCGCCAGGCGGA > NC_000913/4623444‑4623921 | ttGTCCGGGGAGATGATTTCCGCCTCTACACGCACGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCAGGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTTAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGTTCGGCATTGAGCAGCAAGGGGCCGTGGTGGAAGCCACGATCTTTGGtgt < 2:242019/250‑3 (MQ=255) 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TTGTTCGGGGAGATGATTTCCGCTTCCACGCGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTCGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTGAGGTCGGCATTGAGTAGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCGCGATCTTTGGTTTCGCGATAGGCCGAGCCTGAGACTTTGCGGTCGCCTTCGACGGTTTTCACCACCAGATCGTTACGTCCGGACGCTTCGGCGCTGACGCCGAGCGCGTTCAGCGCATTGAGCACAATCGACGTGGAGATAGTTTTATCGTACTCCGGCTTGCCAGCCATAAAGGTAAAGCAGGTATTGCCGAGATCGTGGAACACCGCGCCGCCACCGCTACTGCGCCGCGCCAGGCGGA > NC_000913/4623444‑4623921 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |