| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,623,641 | G→A | L159L (CTC→CTT) | lplA ← | lipoate‑‑protein ligase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,623,641 | 0 | G | A | 97.4% | 106.1 / ‑6.5 | 40 | L159L (CTC→CTT) | lplA | lipoate‑‑protein ligase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (23/15); minor base C (1/0); total (25/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
GCTACTCTGGCGGGCAAAGGTTTCGGCGAAGTTTGGCAAGTCTGGCGTTTTGTTCGGGGAGATGATTTCCGCTTCCACGCGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTCGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTGAGGTCGGCATTGAGTAGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCGCGATCTTTGGTTTCGCGATAGGCCGAGCCTGAGACTTTGCGGTCGCCTTCGACGGTTTTCACCACCAGATCGTTACGTCCGGACGCTTCGGCGCTGACGCCGAGCGCGTTCAGCGCATTGAGCACAATCGACGTGGAGATAGTTTTATCGTACTCCGGCTTGCCAGCCATAAAGGTAAAGCAGGTATTGCCGAGATCGTGGAACA > NC_000913/4623395‑4623885 | gCTACTCTGACGGGCAAAGGTTTCGGCGAAGTTTGGCAAGTCTGGCGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGt < 1:52168/251‑1 (MQ=255) aCTCTGACGGGCAAAGGTTTCGGCGAAGTTTGGCAAGTCTGGCGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCCGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCgg > 2:199488/1‑251 (MQ=255) acGGGCAAAGGTTTCGGCGAAGTTTGGCAAGTCTGGCGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTACGGTCGGCATTg > 2:212130/2‑250 (MQ=255) aGGTTTCGGCGAAGTTTGGCAAGTCTGGCGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAgcagca > 1:49306/1‑249 (MQ=255) cGAAGATTGGCAAGTCTGGCGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAACCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGCAGCAAGGTGCCgtgg > 2:175573/1‑251 (MQ=255) aaGTCAGGCGTTTTGTCCGGGGTGATGATTTCCGCATCTACACGCTAGCACTAATGGGCGAAAAAGGGCTTGGTTCTGGCCTCGCAAACCTGCTAATGGGTGATCCCAGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTGACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGTTTGAGTTAGTTTGCCCGGCGGCTCAGGCCGGCATTGTGCAGAAAGGGGCCGGGGTGGAAGccacg > 2:117183/1‑248 (MQ=255) ttGTCCGGGGAGATGATTTCCGCCTCTACACGCACGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCAGGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTTAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGTTCGGCATTGAGCAGCAAGGGGCCGTGGTGGAAGCCACGATCTTTGGtgt < 2:242019/250‑3 (MQ=255) 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GCTACTCTGGCGGGCAAAGGTTTCGGCGAAGTTTGGCAAGTCTGGCGTTTTGTTCGGGGAGATGATTTCCGCTTCCACGCGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTCGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTGAGGTCGGCATTGAGTAGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCGCGATCTTTGGTTTCGCGATAGGCCGAGCCTGAGACTTTGCGGTCGCCTTCGACGGTTTTCACCACCAGATCGTTACGTCCGGACGCTTCGGCGCTGACGCCGAGCGCGTTCAGCGCATTGAGCACAATCGACGTGGAGATAGTTTTATCGTACTCCGGCTTGCCAGCCATAAAGGTAAAGCAGGTATTGCCGAGATCGTGGAACA > NC_000913/4623395‑4623885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |