| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,569,307 | T→C | intergenic (‑580/+855) | ytiE ← / ← yjiR | protein YtiE/fused putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase YjiR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,569,307 | 0 | T | C | 93.1% | 66.9 / NA | 29 | intergenic (‑580/+855) | ytiE/yjiR | protein YtiE/fused putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase YjiR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (15/12); minor base A (2/0); total (17/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
TATGGAGATTCACTTACCTAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCC > NC_000913/4569078‑4569538 | tATGGAGATTCACTTACCTAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGAt > 1:147525/1‑250 (MQ=255)tATGGAGATTCACTTACCTAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGAt > 1:193117/1‑250 (MQ=255) aCTTCCCTAAAGATTGACGGGAACGGGGCTAGCGCGATAGCTTAAAACGGGAATCCGCCAGCTTTGTCGAGGAAAAATTGCGTGCGCTACATCCCGATAGTTGTGGGTCGGGAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATGGACCATCAGCGCCGCGAGGACATTCATAGGGCCTTTCGCCTGAGGCGCGTGTCCATGGC‑GGTGAGGCAGCGCCATATAGAGCATGATATACGCCAGCCg < 2:234915/251‑1 (MQ=255) tACCTAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGGGATGCCGCGCCCTCTAGAGCCTGATAAACGCCAGCCGCtc > 2:216976/1‑250 (MQ=255) aaGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATCGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCTGGT‑ATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGACGCTACCGttt > 2:19791/1‑250 (MQ=255) ggTGAACTGTGCGACATCAATCGGTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAACTTGCGGGCGCTACACTCTGCTATTTTATGGTCGGTCAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGCGATTGAACATCAGAGCCGTGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGCTCAAGCGCCATCTAGCGAATGGTAAACGCCAGACGCTACCTGTGGTCAAccc > 2:44769/2‑251 (MQ=255) gTGAACTGTACGATCTCGATGACTTGAAGCTGGAATCTGCCAGCTTTTTCGATGACAAATTGCGGGCGCTACCCTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGCTGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGTGGACATTCATCTGGACTTTCGACTGCTGAGCTATTCCATGGC‑GGGGATGCAGCGCCCTATTGCGCATGATTAAAGCTCGCCGGTACCGATGGTCATCCCg > 2:14488/1‑251 (MQ=255) tgCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGTAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATCTCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAtt > 1:166079/1‑251 (MQ=255) gCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCccgccg > 1:63747/1‑224 (MQ=255) gCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCg < 2:63747/224‑1 (MQ=255) cGATAGCTTAAAACTGGCATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTAGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTCTATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCGTATAGAGCATGATAAAACCCAGCCGCTGCCGTTGGCCATACCGATGCTATTTTATTACg > 2:114550/1‑251 (MQ=255) cTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTCAACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTAAATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATACACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGcc > 1:127115/1‑251 (MQ=255) aaaCTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGCAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTGCTCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGt > 2:75106/1‑249 (MQ=255) cTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGAAGCGCCATATAGAGCATGATACACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATAACGGTAGCCGTAGTcc > 1:238502/1‑251 (MQ=255) ggAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTCTTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGCTGCTATTTTATCACGGGAGCCGTAGTCCtt > 2:228690/1‑251 (MQ=255) cGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCt < 1:260931/251‑1 (MQ=255) gCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTcc > 1:21801/1‑251 (MQ=255) cgcTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGCCGAATTTGcc < 1:228690/251‑1 (MQ=255) gaaaGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTtat < 1:139634/250‑1 (MQ=255) aaaGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑TGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGTTACCGTTGGTCATCCCGATTCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTTCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTtata < 1:19791/251‑1 (MQ=255) aTGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGCATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGATTTATAACGCCGCGTTCCCGCtg > 1:237243/1‑251 (MQ=255) ggCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCtgg < 1:69663/250‑1 (MQ=255) tatgttgggATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATGCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCAGGGC‑GGTGATGCAGCGCCATAGAGAGCATGATAACCGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGTCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGTCTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCTTTCCCGCTGGTGGATGTTa < 2:131074/242‑1 (MQ=255) aTGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATAGGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATTATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCTCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTAc < 2:175834/250‑1 (MQ=255) ggACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTgcagc < 1:216976/251‑1 (MQ=255) ttCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCCTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGGCCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGGCGCGTTCCCGCTGGGGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCCGCATCGc > 2:69466/1‑251 (MQ=255) cgttCGCCTTATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGccc < 2:21801/249‑1 (MQ=255) ttCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCt < 1:162344/250‑1 (MQ=255) cTATTCCATGGC‑GGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGGGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTGGATcc > 2:197980/1‑251 (MQ=255) | TATGGAGATTCACTTACCTAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGC‑GGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCC > NC_000913/4569078‑4569538 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |