| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,549,223 | T→G | V139G (GTG→GGG) | fimH → | type 1 fimbriae D‑mannose specific adhesin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,549,223 | 0 | T | G | 96.9% | 93.8 / ‑6.2 | 32 | V139G (GTG→GGG) | fimH | type 1 fimbriae D‑mannose specific adhesin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (17/14); minor base C (1/0); total (18/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
CAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGG‑CGATTAAA‑GCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACC‑AACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACT‑ACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCC > NC_000913/4548991‑4549464 | cAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGCAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGCGCTTTATTTTACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGG‑CGATTAAA‑GCTTGCTc > 2:55624/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |