| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,514,983 | A→C | V565V (GTT→GTG) | fecA ← | ferric citrate outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,514,983 | 0 | A | C | 95.4% | 203.9 / NA | 66 | V565V (GTT→GTG) | fecA | ferric citrate outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/0); new base C (25/37); total (29/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.50e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCG‑GTTCAACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCC > NC_000913/4514737‑4515226 | gTTCACCTACGCGGAGCTGGCGTCGATGGAAACGTTATCAAGCGCTGCCGTTAGCGTCCCCAGATCGTAACGGGCCTCCGTTTCCGGCCCGGTACGGCGCGATTTGCAACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGGCTGGTTGGAGTCGTAGTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCTGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGCGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCG‑GTTCCACAt > 2:118528/1‑251 (MQ=255) cacaTACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCG‑GTTCCACATTg < 1:91151/250‑1 (MQ=255) cGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCG‑GTTCCACATTGCCGCttt < 1:129849/251‑1 (MQ=255) aTAGCTGGAGTAGATGGAAACGTTATCACGCGTTGGAGGTAGCGTACCCAGCTCGTACCGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCAGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGTGTACA‑CATTGCCGCTTTGc > 2:131517/1‑250 (MQ=255) 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GTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCG‑GTTCAACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCC > NC_000913/4514737‑4515226 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |