| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,431,220 | C→T | L453L (CTG→TTG) | cycA → | D‑serine/alanine/glycine/:H(+)symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,431,220 | 0 | C | T | 97.7% | 143.1 / ‑4.7 | 44 | coding (1357/1413 nt) | cycA | D‑serine/alanine/glycine/:H(+)symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (20/23); minor base . (0/1); total (20/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTTCACGATGATTACAACCGTTTCCGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTGGGAACAGTACATTGTTTTCCAGACTGATGTGATCCATCAGGTCATCAATCAGTTCATTAATGCCGTTATACATCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTAT > NC_000913/4430975‑4431460 | cgTTCACGATGATTACAACCGTTTCCGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCTCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTggg‑g < 1:248369/251‑1 (MQ=255) gatgatTACAACCGTTTCCGCGATTCTGTTTATGGTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGggct > 1:13032/1‑251 (MQ=255) atgatTACAACCGTTTCCGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACGGTAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTCACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGT‑CTTGggctt < 2:165977/251‑2 (MQ=255) gatTACAACCGTTTCCGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGggctgg < 1:225076/250‑1 (MQ=255) cgATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCCTCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGCTGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTCCCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga > 1:39502/1‑249 (MQ=255) ttCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTATTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GATGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCgg > 2:210857/1‑251 (MQ=255) tGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGCAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGa > 1:266235/1‑250 (MQ=255) ggACGAGTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCGACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCGGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGGTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACGCTCGGCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTAGCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGa < 2:122499/249‑1 (MQ=255) gATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAAc < 1:5150/251‑1 (MQ=255) gTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTg < 2:77751/251‑1 (MQ=255) tACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCAtt > 2:48064/1‑241 (MQ=255) tACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCAtt < 1:48064/241‑1 (MQ=255) gtATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGgcgc < 2:232677/250‑1 (MQ=255) 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cgtctccATCTATATGAGAATTCGATCTACAAGATGCCGCTCTGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTTCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTTCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCTCAATGCCATCCAGCt < 2:162685/245‑1 (MQ=255) gTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCtt > 1:178687/1‑251 (MQ=255) ccTCAGCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGGATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTAGGTTTGCTGAAACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTATCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGTGGAAATAACCGCATTATCATGCTGTATGGCGTAATGCCATCCAGCttt < 2:184235/250‑1 (MQ=255) cTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCtttt > 1:38528/1‑250 (MQ=255) aTGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGCAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTCGAtcactcc > 1:12492/1‑250 (MQ=255) aGATGCCGCTTGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCTTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGTTGGTTCCCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATACCCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTggc < 2:146407/251‑2 (MQ=255) 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gCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTGGGAACAGTACATTGTTTTCCAGACTg > 1:249899/1‑251 (MQ=255) gtatgtatGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCTCCAGCGCGCGTGGGAACAGTACATTGTTTTCCAGACTGAtgtg > 2:200529/1‑251 (MQ=255) tgtatgGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTGGGAACAGTACATTGTTTTCCAGACTGATGTGATc > 2:67143/1‑251 (MQ=255) gtatgGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCggg < 1:256787/129‑1 (MQ=255) 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cacTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTGGGAACAGTACATTGTTTTCCAGACTGATGTGATCCATCAGGTCATCAATCAGTTCATTAATGCCGTTATACATCGCTTTCCAgg > 1:73199/1‑251 (MQ=255) cGCCAGGCGCTGCTGGTTCCCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGTTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTGGGAACAGTACATTGTTTTCCAGACTGATGTGATCCATCAGGTCATCAATCAGGTCATTAATGCCGTTATACATCGCTTTCCAggtg < 2:178687/249‑1 (MQ=255) ggTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTGGGAACAGTACATTGTTTTCCAGACTGATGTGATCCATCAGGTCATCAATCAGTTCATTAATGCCGTTATACATCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTggc < 1:226842/250‑1 (MQ=255) gTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTGGGAACAGTACATTGTTTTCCAGACTGATGTGATCCATCAGGTCATCAATCAGTTCATTAATGCCGTTATACATCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTggcgg > 2:52512/1‑251 (MQ=255) tACCCCGCTGAGGTTTATCGCGTTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTGGGAACAGTACATTGTTTTCCAGACTGATGTGATCCATCAGGTCATCAATCAGTTCATTAATGCCGTTATACATCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGgcggcg > 2:84749/1‑251 (MQ=255) gTTTATCGCGTTGGG‑GTGGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTGGGAACAGTACATTGTTTTCCAGACTGATGTGATCCATCAGGTCATCAATCATTTCATTAATGCCGTTATACATCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTAt < 1:255083/251‑1 (MQ=255) | CGTTCACGATGATTACAACCGTTTCCGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGC‑GTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGG‑GTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTGGGAACAGTACATTGTTTTCCAGACTGATGTGATCCATCAGGTCATCAATCAGTTCATTAATGCCGTTATACATCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTAT > NC_000913/4430975‑4431460 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |