| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,344,501 | G→A | G378D (GGC→GAC) | melB → | melibiose:H(+)/Na(+)/Li(+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,344,501 | 0 | G | A | 95.7% | 69.1 / NA | 24 | G378D (GGC→GAC) | melB | melibiose:H(+)/Na(+)/Li(+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (14/8); minor base C (1/0); total (15/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
TTTTATGGGCCGGAGCATCTATTCTTCCGGTGTTAAGCTGTGGTGTTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACAACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATATCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTTGTGTTAGGGATGATTGGCTATGTACCGAATGTTGAACAGTCTACGCAAGCCCTATTAGGTATGCAGTTTATTATGATTGCTCTACCAACTCTGTTTTTCATGGTAACGCTGATTCTCTACTTCCGTTTCTATCGCCTCAATGGTGACACGCTGCGCAGGATCCAGATCCATCTGCTGGATAAATATCGCAAAGTACCGCC > NC_000913/4344258‑4344735 | ttttATGGGCCGGAGCATCTATTCTTCCGGTGTTAAGCTGTGGTGTTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACAACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATATCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGGGGTGAAGGACGGTTc > 2:3732/1‑250 (MQ=255) gggCCGGAGCATCTATTCTTCCGGTGTTAAGCTGTGGTGTTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACAACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATATCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAATGACGGTTCAGCCtt < 2:208670/250‑1 (MQ=255) gtCTAATCTTCCGGTGTTAAGCTGTAGTGTTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACAACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGAGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATATCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGAACGCAGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGGTGAGAAGGACGGTTCAGCCTTTGCGGCttttt > 2:267391/2‑251 (MQ=255) aaGCTGTGGTGTTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACAACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATATCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGACGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTTGTGtt > 1:77074/1‑249 (MQ=255) 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gAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGGATCGCTTACTACGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGTCGGTTCATCCTTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTTGTGTTATGGATGATTGGCTATGTACCGAATGTTGAACAGTCTACGCAAGCCCTATTAGGTATGCAGTTTATTATGATTGCTCTACCAACTCTGTTTTTCATGGTAACGCGGAGTCTCTACTTCCGTTTCGATCGCCTCAATGGTGACACGc < 2:256204/250‑1 (MQ=255) taAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGACGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTTGTGTTAGGGATGATTGGCTATGTACCGAATGTTGAACAGTCTACGCAAGCCCTATTAGGTATGCAGTTTATTATGATTGCTCTACCAACTCTGTTTTTCATGGTAACGCTGATTCTCTACTTCCGTTTCTATCGCCTCAATGGTGACACGCTgcgc > 1:177696/1‑250 (MQ=255) cGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGACGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTTGTGTTAGGGATGATTGGCTATGTACCGAATGTTGAACAGTCTACGCAAGCCCTATTAGGTATGCAGTTTATTATGATTGCTCTACCAACTCTGTTTTTCATGGTAACGCTGATTCTCTACTTCCGTTTCTATCGCCTCAATGGTGACACGCTGCGCAGgatcc > 2:78486/1‑248 (MQ=255) tACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGACGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTTGTGTTAGGGATGATTGGCTATGTACCGAATGTTGAACAGTCTACGCAAGCCCTATTAGGTATGCAGTTTATTATGATTGCTCTACCAACTCTGTTTTTCATGGTAACGCTGATTCTCTACTTCCGTTTCTATCGCCTCAATGGTGACACGCTGCGCAGGATCCAGATCCATCTGCTGGATAAATATc < 1:78486/250‑1 (MQ=255) aCTATGGTGGTGAAGGCCGGTTCAGCATTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTTGTGTTAGGGATGATTGGCTATGTACCGAATGTTGAACAGTCTACGCAAGCCCTATTAGGTATGCAGTTTATTATGATTGCTCTACCAACTCTGTTTTTCATGGTAACGCTGATTCTCTACTTCCGTTTCTATCGCCTCAATGGTGACACGCTGCGCAGGATCCAGATCCATCTGCTGGATAACTATCGCAAAGTACCGcc > 2:121860/1‑251 (MQ=255) | TTTTATGGGCCGGAGCATCTATTCTTCCGGTGTTAAGCTGTGGTGTTCTCCTGTTAATGGCATTAATGAGCTATCACAACGTCGTCCTCATTGTGATTGCGGGTATTTTGCTGAATGTGGGAACGGCGCTTTTCTGGGTATTACAGGTCATCATGGTGGCAGATATCGTTGATTACGGTGAATATAAACTGCACGTACGCTGTGAAAGTATCGCTTACTCCGTGCAGACTATGGTGGTGAAGGGCGGTTCAGCCTTTGCGGCTTTTTTCATTGCGGTTGTGTTAGGGATGATTGGCTATGTACCGAATGTTGAACAGTCTACGCAAGCCCTATTAGGTATGCAGTTTATTATGATTGCTCTACCAACTCTGTTTTTCATGGTAACGCTGATTCTCTACTTCCGTTTCTATCGCCTCAATGGTGACACGCTGCGCAGGATCCAGATCCATCTGCTGGATAAATATCGCAAAGTACCGCC > NC_000913/4344258‑4344735 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |