| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 939 | G→A | V201V (GTG→GTA) | thrA → | fused aspartate kinase/homoserine dehydrogenase 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 939 | 0 | G | A | 93.3% | 31.8 / NA | 15 | V201V (GTG→GTA) | thrA | fused aspartate kinase/homoserine dehydrogenase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (11/3); minor base T (0/1); total (11/4) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGAGAAAATGTCGATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGCCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTGCTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCTGCTGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGGCGCTAAAGTTCTTCACCCCCGCACCATTACCC > NC_000913/713‑1150 | gCGAGAAAATGTCGATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACCGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACATCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGGACTTGGACGCAACGGTTCCGacta > 2:202399/1‑250 (MQ=255) cGTATTAGCAGCGCGCGGTCACTACGTTACCGTTCTCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGCGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTActccgcg > 2:127266/1‑222 (MQ=255) caACGTTACCGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGAATTgg > 1:9183/1‑250 (MQ=255) gTTACCGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTACGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGCGATTTggacgg > 1:250914/1‑250 (MQ=255) cGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTACGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGCCGGCCGTTGACGGGGGCTATACCTGCGGCCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGgt > 1:20979/1‑251 (MQ=255) aCCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTT‑ACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGa > 1:135321/1‑249 (MQ=255) aTTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGAGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGACAAAGGCGAACTGGTGGAACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGAGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGCCAGGTGCCCGGTGCGAGGTTGTTGTAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGaact > 1:117149/1‑248 (MQ=255) atggcccatcccGGCGGATCACGTGGTGTGGATGGCAGTTGTCTCCGCCGGTAAAGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCGGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACt < 1:154458/241‑1 (MQ=255) acgtcGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGCGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGGTGTTGAAGTCGATGTCCTACCCGGAAGCGAt > 2:1300/5‑237 (MQ=255) aagtcGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGTTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGAt < 1:1300/233‑1 (MQ=255) gATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGCCGCAACGGTTCCGACTCCTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGCTTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGGCCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGCAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGGCGCTAAAGttct > 1:257686/1‑251 (MQ=255) cctggagCTGATGGCAGGTTTCCCCGCCGGTAATGAAAAAGGAGAACTGGTGGTACTTGGACGCACCGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTTCGCGCCGCTTTTTGCGAGATTTTGACGGACGTTGACGGGGTCTTTACCTGCGACCCGCGTCAGGGGCCCCATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCCGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGGCGCGAAAGttctttccc > 2:186235/7‑247 (MQ=255) gtgttccACCGCCGGTAATGAAAAAGGCTAACTGGTGGTTCTTGGTCGCAACGGTTCCGTCTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTTCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAAATGTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCTATTCTAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTACCTACTTCGGCGCTAAAGTCCTGCACCCCCTCGCCAGTAccc < 2:117149/245‑1 (MQ=255) aTGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCg > 1:205063/1‑182 (MQ=255) aTGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCg < 2:205063/182‑1 (MQ=255) | GCGAGAAAATGTCGATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGCCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTGCTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCTGCTGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGGCGCTAAAGTTCTTCACCCCCGCACCATTACCC > NC_000913/713‑1150 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |