| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,112,209 | C→T | D449D (GAC→GAT) | opgH → | osmoregulated periplasmic glucans biosynthesis protein H |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,112,209 | 0 | C | T | 95.5% | 57.6 / NA | 22 | D449D (GAC→GAT) | opgH | osmoregulated periplasmic glucans biosynthesis protein H |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (9/12); minor base G (0/1); total (9/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
ACGCCGGGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATACGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTATGGGCCACTGTTTACAGCCGGTTTGCACTTCTGGCAACTTGGCGAGTCGCACTACTGGGGACATAACGCGATTATCCGCGTGAAACC‑GTTTATCGAGCACTGCGCACTGGCTCCGCTGCCGGGCGAAGGTTCCTTTGCCGGTTCAATCCTGTCACATGACTTCGTGGAAGCGGCGTTGATGCGCCGTGCAGGTTGGGGGGTCTGGATTGCTTACGATCTCCCGGGTTCTTATGAAGAATTGCCGCCTAACTTGCTTGATGAGCTAAAACGTGACCGCCGATGGTGCCACGGTAACCTGATGAACTTCCGTCTGTTCCTGGTGAAGGGTATGCACCCGGTTCACCGTGCGGTG > NC_000913/1111965‑1112401 | aCGCCGGGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATACGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTATGGGCCACTGTTTACAGCCGGTTTGCACTTCTGGCAACGTGGCGAGTCGCACTACTGGGGACATAACGCGATTAGCCGCGTGAAACC‑GTTTATCGAGCACTGCGCACTGGCTCCGCTGCCGGGCGAAGGTTCCTTTGCCGGTTCAATCCTGTCACATGATTTCGTg < 1:36888/251‑1 (MQ=255) gATCAGTCAGTCGTCGCCGAAAGTGTCCGGTATGGATACGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTATGGGCCACTGTTTACAGCCGGTTTGCACTTCTGGCAACTTGGCGAGTCGCACTACTGGGGACATAACGCGATTATCCGCGTGAAACC‑GTTTATCGAGCACTGCGCACTGGCTACGCTGCCGGGCGAAGGTTCCTTTGCCGGTTCAATCCTGTCACATGATTTCGTGGAAgcgg 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |