| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 48,033 | T→G | C89G (TGT→GGT) | kefC → | K(+) : H(+) antiporter KefC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 48,033 | 0 | T | G | 98.2% | 168.3 / NA | 54 | C89G (TGT→GGT) | kefC | K(+) : H(+) antiporter KefC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (34/19); total (34/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTG‑CTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCTGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCT > NC_000913/47809‑48271 | gTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTG‑CTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCCGATGGTGATTTgc > 2:219958/1‑251 (MQ=255) ggCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTG‑CGGATGCTGGTTATTATCGGCCTCGAACCCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTgcggcg < 2:119590/251‑1 (MQ=255) gCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTG‑CTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGGGGCGCATTGCAGATGGGGATTTGcggcgg > 2:104087/1‑251 (MQ=255) cgcTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATATATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTG‑CTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCctg > 1:163923/1‑251 (MQ=255) cTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTG‑CTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCctgct > 1:59398/1‑251 (MQ=255) gagtgttcccAGTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGGACTTGGCTACCTGAGCGGCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGTTTGGGGTGGTG‑CTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGGGCGGCAGTGTTGGGCGGTGGCGCATTGCAGAGGGTGGTTTGCGGGGGCCTGCTgg < 2:169717/244‑1 (MQ=255) gCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTGCCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTG‑CTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCAt < 1:63093/251‑1 (MQ=255) tCTTGGTCTGGGAGCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGAGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTG‑CTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGGAGATGGTGGTTTGCGGCGGCCTGCCGGGGCTGTTCTGCATGttcattg > 2:201293/1‑246 (MQ=255) ttGGTCTGGGATCGGAACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTG‑CTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGTCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTAcatgtg > 2:7996/1‑246 (MQ=255) ggTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGCCTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTG‑CTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAgg > 1:145786/1‑251 (MQ=255) 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aCTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTG‑CTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGAtttcc > 1:164893/1‑247 (MQ=255) ggACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTTGGGTGGTG‑CTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTGCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAg < 2:95890/250‑1 (MQ=255) gATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTG‑CTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGat > 1:37161/1‑251 (MQ=255) 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ggtg‑CTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCCTGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCCTGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATTAACGCCATCTGATTGTGACGCAAATGGGt > 2:48288/1‑247 (MQ=255) ggtg‑CTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGt < 1:48288/247‑1 (MQ=255) g‑CTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCTGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTg < 1:80732/251‑1 (MQ=255) g‑CTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTg < 2:59398/251‑1 (MQ=255) tGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCCTGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGGTTGCCATGCGGGCGATGAATGAACGCCATCTGATGGGGACGCACATGGGTCGCAGTGcc > 2:157368/1‑251 (MQ=255) cTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGTAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCACTCCTCTACGGCGGATGCCATGCAGGCGGTGACTGAACGCAATCTGCTGGTGACGCAAATGGGGCGGAGTGCCTTTGc > 2:158175/1‑251 (MQ=255) 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GTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTG‑CTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCTGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCT > NC_000913/47809‑48271 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |