| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 17,281 | G→A | intergenic (+271/‑208) | sokC → / → nhaA | small regulatory RNA antitoxin SokC/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,281 | 0 | G | A | 92.3% | 29.5 / NA | 13 | intergenic (+271/‑208) | sokC/nhaA | small regulatory RNA antitoxin SokC/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (10/2); minor base C (1/0); total (11/2) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCA‑AAAA‑CGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTA‑AAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGC > NC_000913/17034‑17523 | acagatagCCTCAAGCACCCGCCGCTCTTATATCGCTCTCTTTAAACAATTCTGTTTTATCGCTTCTCATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTCTTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAAt > 2:116379/1‑251 (MQ=255) tCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGACGACGCCCTGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAACTCTTTAACTTTAAATTACCCCTTTATCGCAATTATTGCCGACACGTTGGATTATTTTTGTAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAACTTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGCAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCtt > 1:240815/1‑249 (MQ=255) ctccttAACCCATTCGGTTTTATCGATTTTAATTCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATTATTTAATTATTTAACTTGAATTTATCTCTTTATCTCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTGTGAAATATTGTCCTAACAAATAACTCCGACTGACAAGAAATTAAGTATTTCTTGTCCGAATTAAGCCCGCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATCATGATCTGTGCTTAGGGt < 2:246832/245‑1 (MQ=255) cTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCACTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGTGCTTACAGCCGTCa‑aaaaactcatc > 1:88609/1‑244 (MQ=255) ttAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATCATTGACGACAAGCTGAATTATTTTTGAAATATTGTCATTACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCTGAAATCCTCACCTTAAGCTAAGATTATCTGGGATTCGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCA‑AAAAACTCATCTCACCGCTGTTGGCGAAAATTCTTCattggatcg > 1:248674/1‑243 (MQ=255) tctcTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCA‑AAAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGATATTCCTACACTATAATc > 1:193165/1‑251 (MQ=255) cAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCA‑AAAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACg < 1:182297/251‑1 (MQ=255) cgacAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCA‑AAAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTcc > 1:15264/1‑218 (MQ=255) tGGATTATTTTTGGAATATTGTCCTAACAAATAACGACGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCACAAAA‑CTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTACTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCGGGGTa > 2:96204/1‑250 (MQ=255) ctaacaaataacGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCA‑AAAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCGGGGTA‑AAATAGTAAAAACGATCTATTCAc > 2:226260/12‑251 (MQ=255) ccGACTGACAAGACATTAATTATTAATTTTACTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATATGGACTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCA‑AAAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCGGG‑TACAAATAGTACAAACGATCTATTCACCTGAAAGCGAAAt > 1:190029/1‑251 (MQ=255) cccTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCA‑AAAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCGGGGTA‑AAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGc > 1:9626/1‑251 (MQ=255) cccTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGACGTCA‑AAAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCGGGGTA‑AAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGc > 2:113017/1‑251 (MQ=255) | ACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCA‑AAAA‑CGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTA‑AAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGC > NC_000913/17034‑17523 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |