| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,636,146 | 2 bp→CT | coding (140‑141/690 nt) | creB → | DNA‑binding transcriptional regulator CreB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,636,146 | 0 | T | C | 96.7% | 162.9 / ‑3.6 | 60 | V47A (GTA→GCT) | creB | DNA‑binding transcriptional regulator CreB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base C (28/30); total (30/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 4,636,147 | 0 | A | T | 94.9% | 169.1 / ‑1.3 | 60 | V47A (GTA→GCT) | creB | DNA‑binding transcriptional regulator CreB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base T (28/28); total (30/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
TCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGCCGAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGAGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCAAGCAGG‑TACCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGA > NC_000913/4635906‑4636373 || tcgctTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGCCGAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGAGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTc > 1:441699/1‑251 (MQ=255) ggcgtACTCCGGCAAAGTTGTAGAAGGGTCGCCGAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTGTGCAACGGGAAACGGTCTGGGTAGTGGAAGATGTGCAAGGGATAGGCGGCACGCTGGTCGACATGTTTCAGCATGAAGCTTTTGCCGTCGAGCCCGTGTAGCGAGCCTTGCCGGTACTGGATATACCTCACTAGCAGG‑CACCCGACGTCGTGATt‑ctc < 2:277831/246‑1 (MQ=255) ggCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGCCGAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGAGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATt‑ctc < 2:522916/250‑1 (MQ=255) gCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGCCGAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCACTAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGCCTGGTTAGTGGAAGATGCGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGAGGTCTTTGGGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATT‑CTCg > 1:394870/1‑250 (MQ=255) aCAAAGTTGTAGAAGGTTCGCCGAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGAGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGtttg < 2:521662/251‑4 (MQ=255) aaGTTGTAGAAGGTTCGCCGAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGAGGTCTTTGAGCTAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTTTGcct < 2:136470/251‑2 (MQ=255) aaGTTGTAGAAGGTTCGCCGAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGAGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATT‑CTCGCTGTTGGTTTGcct > 2:512392/1‑250 (MQ=255) aGTTGTAGAAGGTTCGCCGAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGACGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGAGATCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGGGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCAGGATT‑CTCGATGTTGGTTTGcctg > 2:480694/1‑249 (MQ=255) aaGGTTCGCCGAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCATGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTAGGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGAGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGAGT‑CTCGATGTTGGTGTGccttatatcagc < 2:123948/251‑11 (MQ=255) ggTTCGCCGAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGAGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCgg > 1:376213/1‑251 (MQ=255) gTTCGCCGAAAAACGCGATTAGAGCGGTGTCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTAGGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGAGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGTTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGc < 1:381401/251‑1 (MQ=255) cGAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGAGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGaa < 1:313242/251‑1 (MQ=255) gAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGAGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAAt > 1:7311/1‑251 (MQ=255) aactcgATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGAGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAAttatg < 1:363465/247‑4 (MQ=255) aaCGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGAGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAAttatg > 1:347406/1‑248 (MQ=255) aCGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGCGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAATTATgc > 2:190960/1‑251 (MQ=255) 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gAGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGcc > 1:339769/1‑249 (MQ=255) ttGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTgcg < 2:441699/250‑1 (MQ=255) gAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCAc < 2:122534/251‑1 (MQ=255) cGAGGCTTGCCGGTGCAGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CGCCCGACGTCATGATT‑ATCGATGTTTGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCAACtt < 2:547477/251‑1 (MQ=255) gAGGCTTGCCGGTGCTGGCTAACGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGCCGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAATTATGCCCCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGCAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGCGCGCACCtt > 2:117809/1‑250 (MQ=255) cTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCAAGCAGG‑TACCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGTTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGGTTTCAACCAGCGAAGTGTGGGCAAGGGAGAGCACCTTACTGc > 1:385512/1‑251 (MQ=255) ttGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAATTATGCCGCCCGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCATGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTACACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAg > 2:227076/1‑233 (MQ=255) ttGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAg < 1:227076/233‑1 (MQ=255) cGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAATTACACCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGCCTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCAGCGAAGTCGGCGCCAGGGGGCGCACCTTACTGCGTCgg > 1:537035/1‑251 (MQ=255) cTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTga > 1:37283/1‑250 (MQ=255) cTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTAATGATT‑CTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTga > 1:508178/1‑250 (MQ=255) || TCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGCCGAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGAGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCAAGCAGG‑TACCCGACGTCATGATT‑CTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGA > NC_000913/4635906‑4636373 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |