| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,729,440 | 2 bp→TT | noncoding (105‑106/160 nt) | xylZ ← | small RNA XylZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,729,440 | 0 | C | T | 97.9% | 288.0 / ‑4.7 | 97 | noncoding (106/160 nt) | xylZ | small RNA XylZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (52/41); total (53/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 3,729,441 | 0 | C | T | 99.0% | 311.1 / NA | 97 | noncoding (105/160 nt) | xylZ | small RNA XylZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (53/43); minor base G (0/1); total (53/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
CTTTCATTGCGCGATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTGGCTAAATCTGCCAGTGACATTTGGCCTTTCAGGATTTGCTGGCCCAATTCGCTATTCCAGCCGGAATAACGCTGCGCGATGCGTTTATCCAGCTCGCCATCTTCAATCATGCGCGCTGCAATTTTCAGCGCCAGTGCCAT > NC_000913/3729200‑3729679 || cTTTCCTTGCGCGCTCAGAAGACTGCCCCCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGCCCAGAGTGGATGCGAGCGAGACCCGGTCAGCTTCTCCGTTTGCGCAGCACCCACCTCACCCTGCTCGTTGCGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGCTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGACCGTTCCTTAACAAAATGCCTGGTATCGCTACCGTTAACCGGACCAACGGCATGCACAGTTAGTTGTTATTTGt > 2:569007/1‑251 (MQ=255) ttCATTGCGCGATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACAAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCCACGGACTGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCg > 1:33703/1‑251 (MQ=255) cATTGCGCGATCAGTTGCATGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGa > 1:465804/1‑250 (MQ=255) aTTGCGCGATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCGGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGCGGTGCCACGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTCGTTGTTATTTGTCGAAc > 1:82119/1‑251 (MQ=255) tGCGCGATCAGTTGCCTGCCAACACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAAc > 1:496864/1‑249 (MQ=255) cgcgATCAGATGGCTGCAACCACTGGTCAGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGAGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCACGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACGTATCGATCGGTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACAGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTATTTGTTATTTGTCgtac > 2:516056/1‑244 (MQ=255) gATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAAt < 1:186980/251‑1 (MQ=255) aTCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATg < 1:339673/251‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTGAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGttt < 2:585233/251‑1 (MQ=255) ttacctgccACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGACGCGACCCGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCACCCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGAGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGAACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGttt > 2:624346/4‑250 (MQ=255) 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acTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTcc > 2:307403/1‑250 (MQ=255) gTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAgt < 1:475644/250‑1 (MQ=255) gTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAg < 2:496864/249‑1 (MQ=255) 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aCCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGGCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATATCTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCATAGTTAGCTGTTATTTGTCTAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCTGTTGTTCCTGGCGACCActct < 2:267622/251‑1 (MQ=255) cAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGa < 1:286385/251‑1 (MQ=255) tGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCAc > 1:600521/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |