| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 23,980 | 2 bp→TC | coding (1590‑1591/2817 nt) | ileS → | isoleucine‑‑tRNA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 23,980 | 0 | A | T | 98.0% | 312.5 / ‑2.9 | 99 | coding (1590/2817 nt) | ileS | isoleucine‑‑tRNA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (38/58); minor base . (0/2); total (38/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 23,981 | 0 | T | C | 98.0% | 306.3 / ‑5.0 | 99 | L531L (TTG→CTC) | ileS | isoleucine‑‑tRNA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base C (38/59); total (38/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
GAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCA‑GTACGTGAAAGTGCCGGACACATTG‑GATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGTATCTGGAAGGTTCTGACCAACACCGCGGCTGGTTCATGTCTTCCCTAATGATCTCCACCGCGATGAAGGGTAAAGCGCCGTATCGTCAGGTACTGACCCACGGCTTTACCGTGGATGGTCAGGGCCGCAAGATGTCTAAATCCA > NC_000913/23747‑24209 || gaggcGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGa < 2:490292/247‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGAATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GAATGGGAAAGAGCCGGAAACTCTC‑GACGTATGGTTTGAcc > 1:455627/1‑250 (MQ=255) gATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGCCACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCC‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCg > 2:608457/1‑251 (MQ=255) tGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCggt > 2:29746/1‑250 (MQ=255) ggTTGCTAACCTTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTTCACAAAGACACGTAATAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGa < 1:380386/250‑1 (MQ=255) ggTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGCGCACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGAt > 1:2441/1‑251 (MQ=255) gaCCGTCCTGACTTGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGGGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGGGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTGTGCCTCCGGATCTAcc < 2:233328/248‑1 (MQ=255) aaCCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCa < 1:558963/251‑1 (MQ=255) aCCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATCTAcccgc < 2:163967/251‑3 (MQ=255) aCCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCAc < 2:28648/251‑1 (MQ=255) aCCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCAc > 1:602782/1‑251 (MQ=255) gACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCGCCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTCCCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGACCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCtgt < 1:396844/251‑1 (MQ=255) ggTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCTCTCTTCTgttgtt < 2:423529/251‑1 (MQ=255) gtgtATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGttgttg > 1:168547/1‑251 (MQ=255) gtATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGAc < 1:141238/251‑1 (MQ=255) tcCCGTCAGCGCACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCg > 2:318720/1‑251 (MQ=255) gTCAGCGCACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCg < 2:187177/251‑1 (MQ=255) cAGCGCACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCgg < 1:185427/250‑1 (MQ=255) aGCGCACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGaa < 2:611940/251‑1 (MQ=255) gcACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAAttt < 1:240735/251‑1 (MQ=255) cACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTg < 1:128639/251‑1 (MQ=255) cACCTGGGGCGTACCGATGTCACTGTTCGTGAATAAAGACACGGCAGAGCTGCATCCGCGTACCATCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAAAGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCTTCGGCGCCGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTACGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTCCTGTTGTTGATGTGCGTCCGGAATTTg < 1:534267/251‑1 (MQ=255) ggggCGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGt > 1:548613/1‑251 (MQ=255) cgaaCCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAAAGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACg > 2:559456/4‑251 (MQ=255) tacagATGTCACTGTGCGTGCAAAACGACACGGCAGCGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGAGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGc > 2:118420/5‑250 (MQ=255) atCACTGTTCGTGCACAAAGACCCGGAAGAGCTGCACCCGCGTACCCTCGAACAGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGCA‑GTTAACGGCATCCAGGCGCGGTGGGATCTCGATGCGAACTAGATCATCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTACGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCAGGATCTACCCACTCTTATGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGAc > 2:439363/2‑250 (MQ=255) tCACTGTTCGTGCACAAAGACCCGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAA‑GTTAACGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGTGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGGCACGCAGCGGACAt > 1:482202/1‑251 (MQ=255) aCTGTTCGTGCACAAAGACACGGACTAGCTGCATCCGCGTACCCTCGAACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGCA‑GTTAACGGCATCCAGGCGGGGAGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGACCA‑GTATGTGAAAGAGCCGGATACTCTC‑GACGTATGGTTTGACTCCGGATATACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCGGGTCACGCAGCGGACATGt > 2:204151/1‑251 (MQ=255) 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