| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,636,543 | G→A | L179L (CTG→CTA) | creB → | DNA‑binding transcriptional regulator CreB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,636,543 | 0 | G | A | 94.9% | 180.8 / NA | 59 | L179L (CTG→CTA) | creB | DNA‑binding transcriptional regulator CreB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (33/23); minor base C (3/0); total (36/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGG‑TTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCGGTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCAAGTCA‑CCGGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTGATGGATAGCGTATGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTCGATACCCACATTAAAACGCTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGTAATGCGTATCGGCATGCGGTTGTTGCTGGGCTATTTTTTACTGGTGGCGGTGGCAGCCTGGTTCGTACTGGCCATTTTTGTCAAAGAAGTTAAAC > NC_000913/4636306‑4636789 | ctatgTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGTCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGG‑TTTGACACGCCATTAACGCTGACGCGGTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCG‑CCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGtgt > 2:149188/5‑249 (MQ=255) aaCCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGTCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGG‑TTTGACACGCCATTAACGCTGCCGCGGTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCG‑CCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATgcg > 1:329279/1‑251 (MQ=255) ttCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGTCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGG‑TTTGACACGCCATTAACGCTGACGCGGTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCG‑CCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTCATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGac > 1:328963/1‑250 (MQ=255) cccGCGAAGTGTGCGCCAGTGTGCCCCCTTTCCTGCGTCGGGTAAAGAAGTTCTCGTCGCCGTCTCCCTTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATGGAATGACCCCGCGGCGCAGATCAGCTGG‑TTTGACACGCCATTAACGCTGACGCGGTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTGCTCAAGTCG‑CCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTAc < 1:270189/251‑1 (MQ=255) 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ccaggCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGTAATGCGTATCGGCATGCGGTTGCTGCTGGGCTATTTTTTACTGGTGGCGGTGGCGGCCTGGTTCGTACTg > 1:455781/4‑251 (MQ=255) ccaggCCGCGTCTGGTACCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGTAATGCGTATCGGCATGCGGTTGCTGCTGGGCTATTTTTTACTGGTGGCGGTGGCGGCCTGGTTCGTACTg > 1:223290/4‑251 (MQ=255) gtcgggTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGGGTGGGAAGATGCGCAGGACACCGACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGTAATGCGTATCGGCATGCGGTTGCTGCTGGGCTATTTTTTACTGGTGGCGGTGGCGGCCTGGTTCGTACTGGCTAttttt < 2:92914/247‑1 (MQ=255) cccGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATTCTTATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGTAATGCGTATCGGCATGCGGTTGCTGCTGGGCTATTTTTTACTGGTGGCGGTGGCGGCCTGGTTCGTACTGGCTATTTTTGTCaaa < 2:220967/250‑1 (MQ=255) cGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACt < 2:341868/129‑1 (MQ=255) cGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACt > 1:341868/1‑129 (MQ=255) aaCTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCTGCATGGGATATCGCCTGAGGGGCCTGTCATGCGTATCGGCATGCGGTTGCTGCTGGGCTATTTTTTACTGGTGGCGGTGTCGGCCTGGTTCGTACCGGCTATTTTTGTCTAAGAAGTTAAAc > 1:305374/1‑251 (MQ=255) | CTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGG‑TTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCGGTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCAAGTCA‑CCGGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTGATGGATAGCGTATGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTCGATACCCACATTAAAACGCTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGTAATGCGTATCGGCATGCGGTTGTTGCTGGGCTATTTTTTACTGGTGGCGGTGGCAGCCTGGTTCGTACTGGCCATTTTTGTCAAAGAAGTTAAAC > NC_000913/4636306‑4636789 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |