Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,627,084 | G→A | P391P (CCG→CCA) | radA → | DNA recombination protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,627,084 | 0 | G | A | 98.8% | 253.1 / ‑6.0 | 86 | P391P (CCG→CCA) | radA | DNA recombination protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (42/42); minor base C (0/1); total (42/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 |
ACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACTTAGCGTTACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGCGACAGACCGCTGCCGCAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGATCCGCCCGGTGCCCAGCGGTCAGGAACGAATCTCTGAAGCGGCGAAACACGGTTTTCGCCGGGCGATTGTTCCGGCGGCTAACGTGCCGAAAAAAGCGCCGGAAGGGATGCAGATTTTTGGCGTTAAAAAACTCTCCGACGCGCTTAGCGTGTTCGACGACTTATAATGAGATATACGGAGGGAGATATGTCGTCATTTG > NC_000913/4626838‑4627327 | gttgttgggggAGAGTCAGGCGCTGGTAGATCACGCGAGGATGGCGAATCCGCTCCGCGTGGCAGTGTGGCTGCAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCGGGCTGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAAGGGCCGATCAGGATGGGTTTGTGAACGTGGGCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGCGCCGACGTAGCGTTACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCGGCGTGACAGACCGCTGCCACAgg < 2:236166/242‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |