| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,624,388 | A→C | G134G (GGT→GGG) | ytjB ← | putative inner membrane protein Smp |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,624,388 | 0 | A | C | 94.7% | 212.8 / ‑3.3 | 77 | G134G (GGT→GGG) | ytjB | putative inner membrane protein Smp |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (37/34); minor base T (4/0); total (41/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTGCGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACACCGATTGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCG‑CAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATAAGAT‑CGCCTTGTTCGTCATACACACCCGCGTCGAGGATACGGCTTTCATCCGTTAACTGATCGAGGATCGCCTGAATGCGTTTTTCATCCGGTGAGTCGGTACGCATCAGCGGTGCAACGTTCAGCGTCACCTGACGCG > NC_000913/4624146‑4624632 | cACTCTTTCTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGAATGCTGCCAGCGGGTACGTTTTCCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACGCCGATTGCCAGTGAAAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGGATGGGGGTCGAGCGCCAGGCGCCGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTCCCGG‑CAAt > 1:97730/1‑251 (MQ=255) aCTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTACGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACGCCGATTGCCAGTGAAAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGCGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTCCCGG‑CAAtt < 1:503275/251‑1 (MQ=255) ctctTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGGACGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACGCCGGTTGCCAGTGAAAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGGGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGGGCGGATGGGTGTCGAGCGGCAGGGGCCGATAACCGAGCGGTCCGTTTTTTCCGG‑CAATTg > 1:167458/1‑251 (MQ=255) tctTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTTACCGGAAGGGCGATTTCTGCCAGCGGGTACGTTTCCCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACGCCGATTGCCAGTGAAAGAAGCAACATCAGGCGGAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGGGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGCGTCAGGCGCAGATAGCCGGGCGGGCCGGTTTTTCCGG‑CAATTgg > 2:387716/1‑251 (MQ=255) 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cACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGCGCGTATGGGTGTCGAGCGTCCGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTCCCGG‑CAATTGGTTCGTCAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCCGCTTTTTTACCGTCGTGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGGGCGATAAAAT‑CGCCTTGTTCGTCATACACGCCAGCGGCGAGGATACGGCTTTCATCAGTTAACTGATCGAGGATCGCCt > 1:347891/1‑251 (MQ=255) aCCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGCGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTCCCGG‑CAATTGGTTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCCGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGGGCGATAAGAT‑CGCCTTGTTCGTCATACACGCCCGCGTCGAGGATACGGCTTTCATCCGTTAACTGATCGAGGATCGCCTg > 1:422245/1‑251 (MQ=255) gttgagctgcggggacGAGCGTATGGGTTTCGAGCGTCAGGCTCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTCCCGG‑CAATTGGTTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCCGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCCCTTCGACGCTTTCGCCAGACCGGGCGATAAGAT‑CACCTTTTTCGTCATACACGACCGAGTCGAGGATATGGCTTTCATCCGTAAATTGATTGAGGGTAGCCTGaagc > 2:246983/16‑249 (MQ=255) 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gagcgtCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTCCCGG‑CAATTGGTTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCCGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGGGCGATAAGAT‑CGCCTTGTTCGTCATACACGCCCGCGTCGAGGATACGGCTTTCATCCGTTAACTGATCGAGGATCGCCTGAATGCGTTTTTCATCCGGCGAGTCGGTACGCATc > 1:108660/5‑250 (MQ=255) cgtCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTCCCGG‑CAATTGGTTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCCGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGGGCGATAAGAT‑CGCCTTGTTCGTCATACACGCCCGCGTCGAGGATACGGCTTTCATCCGTTAACTGATCGAGGATCGCCTGAATGCGTTTTTCATCCGGCGAGTCGGTACGCATCAGCg > 1:493896/2‑251 (MQ=255) cgtCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTCCCGG‑CAATTGGTTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCCGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGGGCGATAAGAT‑CGCCTTGTTCGTCATACACGCCCGCGTCGAGGATACGGCTTTCATCCGTTAACTGATCGAGGATCGCCTGAATGCGTTTTTCATCCGGCGAGTCGGTACGCATCAGCg < 1:36977/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |