| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,624,277 | G→A | L171L (CTC→CTT) | ytjB ← | putative inner membrane protein Smp |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,624,277 | 0 | G | A | 98.0% | 310.4 / NA | 100 | L171L (CTC→CTT) | ytjB | putative inner membrane protein Smp |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (42/56); minor base C (2/0); total (44/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CATTTGGCGAAAAATACACTCTTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTGCGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACA‑CCGATTGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCG‑CAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATAAGATCGCCTTGTTCGTCATACAC > NC_000913/4624034‑4624516 | catctGGCGAAAAAGTCACTCCTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGTTCGTAAGAGTCAGAGATGATCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTACTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCGCTTCCGGCACCGGTTTGCGGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTACGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACG‑CCGATTGCCAGTGAAagcatca < 1:439447/247‑4 (MQ=255) ctGGCGAAAAATACCCTCCTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTACGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACG‑CCGATTGCCAGTGAAATCAGCaa < 2:105396/248‑1 (MQ=255) cGAAAAATACACTCCTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTACGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACG‑CCGATTGCCAGTGAAAGCCGCAACATccg > 2:194341/1‑249 (MQ=255) acactccgccACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTACGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACG‑CCGATTGCCAGTGAAAGCAGCAACATCAGGCGTaaa < 2:133750/242‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |