Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,624,226 | G→A | R188R (CGC→CGT) | ytjB ← | putative inner membrane protein Smp |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,624,226 | 0 | G | A | 96.9% | 262.2 / ‑6.2 | 98 | R188R (CGC→CGT) | ytjB | putative inner membrane protein Smp |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (39/56); minor base T (2/1); total (41/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACCGTGTCGGCATTGCGCCAGAGAAACAGAACGCGCTGCGTGGCGGGCATTTGGCGAAAAATACACTCTTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTGCGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGT‑CAGCACTACA‑CCGATTGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCG‑CAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACG > NC_000913/4623987‑4624472 | acCGTGTCGGCATTGCGACAGAGAACCAGAACGCGCGGCGTGGCGGGCATCTGGCGAAAAATACACTCCTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCTTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTGTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCATCGTTGTGCTGGCGGTTAACATGAAGGGCGACTGCTGCCGGCGTTTACGTTTACCCTg < 2:119926/251‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |