| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,621,305 | A→G | A141A (GCA→GCG) | deoD → | purine nucleoside phosphorylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,621,305 | 0 | A | G | 98.7% | 257.6 / NA | 79 | A141A (GCA→GCG) | deoD | purine nucleoside phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (44/34); minor base T (0/1); total (44/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
ACGGTATGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGCATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTCGACAT‑GGTGCGTAACGCAGTAGATGCAGCTAAAGCACTGGGTATTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCGGACGGCGAAATGTTCGACGTGATGGAAAAATACGGCATTCTCGGCGTGGAAATGGAAGCGGCTGGTATCTACGGCGTCGCTGCAGAATTTGGCGCGAAAGCCCTGACCATCTGCACCGTATCTGACCACATCCGCACTCACGAGCAGACCACTGCCGCTGAGCGTCAGACTACCTT > NC_000913/4621070‑4621547 | aCGGTATGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGt > 2:470496/1‑251 (MQ=255) cGGTATGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTACAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTCGACGCGGCTAAAGCATTGGGtg > 1:585523/1‑250 (MQ=255) aatggggctccagtgatGCTCCATCTACACCAACGAACTGATCCCCGCTTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAATGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCCTGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGAGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTg > 2:92777/17‑251 (MQ=255) aTGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTg < 2:376978/250‑1 (MQ=255) cGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGCCGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTg > 2:81482/1‑251 (MQ=255) aTCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCCCTGGGGGTTGATGCTCGCGGGGGTAACCTGtt > 2:345021/1‑251 (MQ=255) acacCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCGCGTAAAACTGCGCGACGGCGTTATCGGTAGGGGTGCCTTCACCGAGTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCAGGACGTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAG‑GGTGCGTAACGCGGTAGGCGCGGCTAAAGCACTGGGTGCTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTcc < 2:312050/251‑1 (MQ=255) acacCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTcc < 2:119058/251‑1 (MQ=255) acCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCATGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGGGTTGATGCTCGCGGGGGTAAACTGTTCTCCGc > 2:71400/1‑251 (MQ=255) aaGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGAc < 1:293452/251‑1 (MQ=255) 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gATCACCGATTTCGGCGGGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTTTTCTCCGCTGACCTGTTCt < 2:444164/251‑1 (MQ=255) gATCACCGATGTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGtt < 2:571319/249‑1 (MQ=255) aTCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTa < 2:285538/251‑1 (MQ=255) 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cGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCGGACGGCg > 1:176372/1‑251 (MQ=255) ttATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCGCCGGACGGCGAAATGTTCGAc > 1:167818/1‑251 (MQ=255) aTCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCGGACGGCGAAATGTTCGACgg > 2:463892/1‑250 (MQ=255) 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cTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCGGACGGCGAAATGTTCGACGTGATGGAAAAATACg > 1:9776/1‑251 (MQ=255) gtgGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCGGACGGCGAAATGTTCGACGTGATGGAAAAATACGGc < 2:175929/251‑1 (MQ=255) ggcgtcgtgccgCCGCACGTAAAACTGCGCGACGGCGTTATCTGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGGTGTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACGTTGACAT‑GGTGCTTAACGCGTTGGACGCGGCTAAAGCACTGGGGGTTGATTCTCGCGTGGGTAGCCTGTTCATCGCTGTCCTGTTCGACTCGCCGGTCGGCGAGTTGGTCGAGGGGCTGGAAAAATTCGGCa < 2:51911/239‑1 (MQ=255) 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cAAAGTGAACCGTATCCGTTGTAACGACCATGACGTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACTT‑GGTGCGTAACGCGGTAGACGCTGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACTTGTTCTCAGCTGACCTGGTCTACTCTCCGGACGGCGAAATGTTCGACGTGAGGGAAAAATACGGCATCCTCGGCGTGGAAAGGGAAGCGGCTGGTATAGACGGCGTCGCTGCATAGTTTGGCGCGAAAGcct < 2:439483/251‑2 (MQ=255) aaaGTTAACCGTATACGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGCAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCGGACGGCGAAATGTTCGACGTGATGGAAAAATACGGCATCCTCGGCGTGGAAATGGAAGCGGCTGGTATCTACGGCGTCGCTGCAGAGTTTGGCGCGAAAGCCCt > 2:95994/1‑251 (MQ=255) tAACCGTATCCGTTTTAAAGCCCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGGTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCGGACGGCGAAATGTTCGACGTGATGGAAAAATACGGCATCCTCGGCGTGGAAATGGAAGCGGCTGGTATCTACGGCGTCGCTGCAGAGTTTGGCGCGAAAGCCCTGAcc < 1:92777/250‑1 (MQ=255) 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ACGGTATGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGCATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTCGACAT‑GGTGCGTAACGCAGTAGATGCAGCTAAAGCACTGGGTATTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCGGACGGCGAAATGTTCGACGTGATGGAAAAATACGGCATTCTCGGCGTGGAAATGGAAGCGGCTGGTATCTACGGCGTCGCTGCAGAATTTGGCGCGAAAGCCCTGACCATCTGCACCGTATCTGACCACATCCGCACTCACGAGCAGACCACTGCCGCTGAGCGTCAGACTACCTT > NC_000913/4621070‑4621547 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |