| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,621,236 | C→T | R118R (CGC→CGT) | deoD → | purine nucleoside phosphorylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,621,236 | 0 | C | T | 98.9% | 272.3 / NA | 87 | R118R (CGC→CGT) | deoD | purine nucleoside phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (52/34); minor base G (0/1); total (52/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
ATGCCCGTGAAGTGAACAACGTTCGCGGTATGCTGGGCTTCACCGGTACTTACAAAGGCCGCAAAATTTCCGTAATGGGTCACGGTATGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGCATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTCGACAT‑GGTGCGTAACGCAGTAGATGCAGCTAAAGCACTGGGTATTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCGGACGGCGAAATGTTCGACGTGATGGAAAAATACGGCATTCTCGGCGTGGAAATGGAAGCGGCTGGTATCTACGGCGTCGCTGCAGAATTTGGCGCGAAAGCCCTGACCATC > NC_000913/4620989‑4621482 | aTGCCCGTGAAGTGAACAACGTTCGCGGTATGCTGGGCTTCACCGGTACTTACAAAGGCCGCAAAATTTCCGTAATGGGTCACGGTATGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATc > 1:273598/1‑251 (MQ=255) ccGTGAAGTGAACAACGTTCGCGGTATGCTGGGCTTCACCGGTACTTACAAAGGCCGCAAAATTTCCGTAATGGGTCACGGTATGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGCAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTCTCCGtt > 2:459970/1‑251 (MQ=255) ccGTGAAGTGAACAACGTTCGCGGTATGCTGGGCTTCACCGGTACTTACAAAGGCCGCAAAATTTCCGTAATGGGTCACGGTATGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGtt < 2:247480/251‑1 (MQ=255) gaagtgaaCAACGTTCGCGGTATGCTGGGCTTCACCGGTACTTACAAAGGCCGCAAAATTTCCGTAATGGGTCACGGTATGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGATCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTa > 2:340906/1‑250 (MQ=255) 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ccGTAATGGGTCACGGTATGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGacgcggct < 2:314858/251‑8 (MQ=255) tAATGGGTCCCGGTATGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGCAGAACATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTaaa > 2:627440/1‑188 (MQ=255) tAATGGGTCACGGTATGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTaaa < 1:627440/188‑1 (MQ=255) aCGGTATGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACAT‑GGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGt > 2:470496/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |