| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,569,307 | T→C | intergenic (‑580/+855) | ytiE ← / ← yjiR | protein YtiE/fused putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase YjiR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,569,307 | 0 | T | C | 98.6% | 183.4 / NA | 70 | intergenic (‑580/+855) | ytiE/yjiR | protein YtiE/fused putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase YjiR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (41/28); minor base A (0/1); total (41/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
GACACTGCGCGGGATTTTATGGAGATTCACTTACCTAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTC > NC_000913/4569061‑4569550 | gACACTGCGCGGGATTTTATGGAGATTCACTTACCTAAAGCTTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTACCACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGCAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGCTATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGAGCTATTCCATGGCGGTGATGCAgcg > 2:598072/1‑251 (MQ=255)gACACTGCGCGGGATTTTATGGAGATTCACTTACCTAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGCAgc < 1:257164/250‑1 (MQ=255) acTGCGCGGGATTTTATGGAGATTCACTTACCTAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGCAGCGCCa < 1:207920/251‑1 (MQ=255) ttATGGAGATTTACTTACCTAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGAt > 1:309173/1‑251 (MQ=255) 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ggCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTc < 1:114333/250‑1 (MQ=255) ggCCGTTCGACTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGCAGCGCCAGATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGTCGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTTGGGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGTAGAGTc < 1:498383/250‑1 (MQ=255) gCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGc < 1:446585/251‑1 (MQ=255) tCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGt > 1:508599/1‑251 (MQ=255) gATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACCCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGAGGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTTGACGAATTTTCCGACCCGACTCCCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGTATGTTACTTTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGt < 1:406812/251‑1 (MQ=255) aTGCGCTATTCCATGGCGGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCCGCCGTCGAGATTGTGCAGCATCGCCGCGTCGCCCTGTTggcgat > 2:241950/1‑247 (MQ=255) aTGCGCTATTCCATGGCGGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGtt < 2:242155/251‑1 (MQ=255) tGCGCTATTCCATGGCGGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCCGGTGGATGTTACTGTCGGGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCACTTTTGGAGTTg > 2:175551/1‑251 (MQ=255) tGCGCTATTCCATGGCGGGGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCCGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCCCGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGCCGGGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTg > 2:483696/1‑251 (MQ=255) cgcTATTCCATGGCGGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGAt < 2:508599/251‑1 (MQ=255) ttCCATGGCGGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCaa > 1:33726/1‑250 (MQ=255) ccagggCGTTGATGCAGGGCCATATATAGCATGATAAACGTCTGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCGTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAGGCGGTATAACGCCGCGTGCCCGCTGGGGGATGTTGCTGTCGTGCCAGACTACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAg < 2:587769/247‑1 (MQ=255) ccATGGCGGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCaaa > 1:314919/1‑249 (MQ=255) ggCGGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTTCCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCTCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCat < 2:520624/250‑1 (MQ=255) gCGGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCatat > 1:151124/1‑251 (MQ=255) gCGGTGAAGCAGCGCAATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCatat < 1:292344/251‑1 (MQ=255) ggTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTc > 2:93726/1‑251 (MQ=255) | GACACTGCGCGGGATTTTATGGAGATTCACTTACCTAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTC > NC_000913/4569061‑4569550 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |