| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,530,252 | C→A | intergenic (‑9/+3) | sgcC ← / ← sgcB | putative PTS enzyme IIC component SgcC/putative PTS enzyme IIB component SgcB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,530,252 | 0 | C | A | 97.6% | 252.6 / NA | 84 | intergenic (‑9/+3) | sgcC/sgcB | putative PTS enzyme IIC component SgcC/putative PTS enzyme IIB component SgcB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base A (36/45); total (39/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
CCTGCGCCAACGTCAAAGACATGCAGGGCTAGGCCGAAACGCTCAATCATCACTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAAACCAATCCCAACCGTTA‑CCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGT‑ACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATACCGTTACAGTTAAGAGGGATCTCATTCAGACAGCATTGGGCGGTAGTGGCTGAAATGCCCTGTTCAGTCAGGAACTCTTGCAGCTTGTGTGCAATCATGGTTGAAGTCG > NC_000913/4530005‑4530496 | cgcgcgcCAACGTCAAAGACAGGCAGGGCTAGGCCGAAACGCTCAATCATCACTTTGATAGGGGAACTGAGGCGGTCGACCGCCATGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAAACCAACCCCAACCGTTA‑CCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCAGGATGATAGGGACGAAAACGGT‑ACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCAttt < 2:547354/248‑1 (MQ=255)ccTGCGCCAACGTCAAAGACATGCAGGGCTAGGCCGAAACGCTCAATCATCACTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAAACCAATCCCAACCGTTA‑CCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGT‑ACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCAttt > 1:286715/1‑251 (MQ=255) cgacaaaaaaaTGCAGGGCTAGGCCGAACCGCTCAATCACCACTTTGATGGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAACCCAACCCCAACCGTTA‑CCCCTGCCTTAATCGCCGGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGT‑ACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCATTTTATTGAGTTa < 2:350472/241‑1 (MQ=255) ccAAAAACATGCAGGGCTAGGCCGAAACGCTAAATCATCCCTTTGATAGGGGGATTGAGGCTGTCGATCGCCATGCCGATCACCAGTCCCATCCCGACAAAACCAACCCCACCCGTTC‑CCCCGGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGAAAGAAAATGCCGATCACGATCATGATGATAGGAACGAAAACGGT‑ACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCATTTTATTGAGTTAAc < 1:589563/250‑1 (MQ=255) cAAAGACATGCAGGGCTAGGCCGAAACGCTCAATCACCCCTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCAGGACGATCCCCAGTCCCATACCGACAAAACCAACCCCAACCGTTA‑CCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGT‑ACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCATTTTATTGAGTTAACa < 2:460133/251‑1 (MQ=255) aaGACATGCAGGGCTAGGCCGAAACGCTCAATCCTCCCTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAAACCAATCCCAACCGTTA‑CCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAAGCCAATCAAGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGT‑ACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAACCATAATGACTCATTTTATTGAGTTAAc > 2:53686/1‑248 (MQ=255) aaCATGCCGGGCTGGGCAGAAACGCACAATCATCACTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTAGATCGCCATGACGAGCACCATCCCCATACCGACAAAACCAATCCCACCCGTTA‑CCCCTGCCTTAATCCCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCAAGATGATAGGGACAAAAACGGT‑ACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCATTTTATTGAGTTAACAGAGc < 1:520206/250‑1 (MQ=255) aTGCAAGGCTAGGCCGAAACGCTCAATCATCACTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAAACCAATCCCAACCGTTA‑CCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGT‑ACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCATTTTATTGAGTTAACAGAGCCtt > 1:195008/1‑251 (MQ=255) gCAGGGCTAGGCCGAAACGCTCAATCATCACTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAAACCAATCCCAACCGTTA‑CCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGT‑ACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCATTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTg > 2:1844/1‑250 (MQ=255) cTAGGCCGAAACGCTCAATCATCACTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTCCCATACCGACAAAACCAATCCCAACCGTTA‑CCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGATAAGGCCAATCACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGT‑ACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCATTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATttgtt > 2:516541/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |