| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,518,627 | C→A | P34H (CCT→CAT) | insA7 → | IS1 family repressor protein InsA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,518,627 | 0 | C | A | 99.0% | 305.9 / ‑5.8 | 103 | P34H (CCT→CAT) | insA7 | IS1 family repressor protein InsA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (63/39); total (63/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATG‑ATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCC‑GTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGG > NC_000913/4518380‑4518872 | gAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATG‑ATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTg < 1:365146/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |