| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,516,378 | G→A | N100N (AAC→AAT) | fecA ← | ferric citrate outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,516,378 | 0 | G | A | 97.7% | 407.9 / NA | 129 | N100N (AAC→AAT) | fecA | ferric citrate outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (48/78); minor base C (3/0); total (51/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TGCCAAAGTTCATCGCCAGGTCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTGTTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGACGTCGTAATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAACCGAGAGGGTAAATCCGCTGTGTGCGGCATACTGATTGAGCGCTTTATCGAGCGATCCCGGTGCGATATTAACCTGTGCAGCAAAAGCGGAAAACGAGAGACCGGCCAGCGGCAGCAGGCTC > NC_000913/4516134‑4516621 | tGCCAAAGTTCATCGCCAGGTCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTATTAttt > 1:616936/1‑251 (MQ=255)tGCCAAAGTTCATCGCCAGGTCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACATCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGGTCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTAGGTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGGGCGGGCGCGGGCTCCCGCGTCCCGCTATTAttt > 2:568563/1‑251 (MQ=255) aaaGTTCATCGCCAGGTCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCCGCTATTATTTccc > 1:476892/1‑250 (MQ=255) gTTCATCGCCAGGTCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACCTCACGCATGGTTGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTATTATTTCCCAGCg < 1:465864/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |