| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 939 | G→A | V201V (GTG→GTA) | thrA → | fused aspartate kinase/homoserine dehydrogenase 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 939 | 0 | G | A | 97.8% | 121.9 / NA | 46 | V201V (GTG→GTA) | thrA | fused aspartate kinase/homoserine dehydrogenase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (35/10); minor base C (1/0); total (36/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
CTGCGCTGATTTGCCGTGGCGAGAAAATGTCGATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGCCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTGCTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCTGCTGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGGCGCTAAAGTTCTTCACCCCCGCACCATTACCCCC‑ATCGCCCAGTTCCAGATC > NC_000913/695‑1170 | ctgcgctgATTTGCCGTGGCGAGAAAATGTCGATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACCGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGAAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGAGAACTGGTGGTACTTgg > 1:288047/1‑250 (MQ=255) gcgctgATTTGCCGTGGCGAGAAAATGTCGATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACCGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACg > 2:585065/1‑251 (MQ=255) ctgATTTGCCGTGGCGAGAAAATGTCGATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACCGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGAAATGAAAAAGGCGAACTGGGGGTACTTGGACGCa > 1:12359/1‑250 (MQ=255) ccGTTGCGAGAAAATGTCGCTCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACCGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCg > 2:462142/1‑251 (MQ=255) tGGCGAGAAAGTGTTGATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACCGTTATCGCTCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGCTCACATGGTGCTGCTGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGAGAACTGGTGGTACTTGGACGCCACGGTTCCGact > 2:97432/1‑251 (MQ=255) tCGATCGCCCTTCTGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGTTCACAACGTTACCGTAATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAACAAGGCGACCTGGTGGTACTTGGCCGCAACGGTTCCGACTACTCCGcggcggg > 2:323895/1‑250 (MQ=255) tCGATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACCGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGcggcggg > 1:463793/1‑250 (MQ=255) tCGATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACCGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGt > 2:198302/1‑251 (MQ=255) gATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACCGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTgc > 1:129594/1‑251 (MQ=255) cGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACCGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGact > 2:359853/1‑233 (MQ=255) ggCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAAAGTTACCGTTATCGATCCGGACGAAAAACTGCTGGCCGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGCCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGCTGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGtt > 2:258859/1‑251 (MQ=255) ccGGCGTGTTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACCGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGCATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGAATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCCGGTTTCACAGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCGGCCAGtttc > 2:227933/1‑250 (MQ=255) tATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACCGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGcc > 1:596700/1‑251 (MQ=255) 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cGAACAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCCCCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGCACTTGGACGCAACGGTTCCGACTAATCCGCGGCGGTGCTGGCTGGCTGTTTATGCGCCGGTTGTTGCGAGGTTTggacgggagttttcggggtctttcacc > 1:595954/1‑230 (MQ=255) aaaaaCTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGACAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGGTGCCTGTTTACGCGCCCGTTGTTGCGAGGTTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTCTACCTGc > 1:337812/1‑251 (MQ=255) tgctgGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCcg > 1:381568/1‑251 (MQ=255) gctgGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCcgc > 1:439628/1‑251 (MQ=255) gggCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGCGTCCACCCGCCGAATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCAGATAGCCAGGCACTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTACTGAAAAAGGCGTACTGGGGGTACTTGGACGCACCGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCAGCCTGTTTAAGCGCCGATTGATGAGAGATTTGGACGGACGTTGAACGGGTCtataacgtcggcccgggacatggacc > 1:425323/1‑229 (MQ=255) gCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTACACCCGCCGAATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCAAATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGAGGCGGTGCTGGATGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGGGCTTTGGACGGACGTTGACGGGGCCTATACCCTCGACCCGCGTCAGGTGGCCg > 1:262244/1‑251 (MQ=255) 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tCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGGTGCCTGTTTAAGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGGCGGTGACGGGGTCTATACCTGCGAACCGCGTCAGGGGCCCGATGCGAGGTTGTTGGAGTCGGTGTCCTAcccgg > 2:446314/1‑247 (MQ=255) tCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGAGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGCCTATACCTGCGCCCCCCGTCAGGTGCCCGGTGCGAGGGTGTTGAAGGCGATGGCCTACCAggg > 2:345777/1‑250 (MQ=255) ccACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGa > 1:401480/1‑250 (MQ=255) 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gtggaggcagtgttcacccgccgGTAA‑GAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGGCGCTAAAGTTCTTCACCCCCGCAc < 1:437246/234‑1 (MQ=255) gCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGACAAAGGCGAACTGGTCGCAATTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCAGTTTACGCGCCCATTGTTGCGAGCTTTGGAAGGACGTTGACGGGGTCTATAACTGCGACCCGCGTCAGGGGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGGCGCTAAAGTCCTTCACACCCGcc > 1:266992/1‑250 (MQ=255) aggaggtcagttttCCCCGACGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTGTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGGCCTACCATGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGGCGCTAAAGTTGTTCAcctgcgcac < 2:288047/240‑8 (MQ=255) ggCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCACCGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGGGCTTTCCTACTTCGGCGCTAAAGTTCTTCACCCCCGCACCAtt > 1:50983/1‑250 (MQ=255) gggggTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGGCGCTAAAGTTCTTCACCCCCGCACCATTAc < 1:263388/248‑1 (MQ=255) gCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGGCGCTAAAGTTCTTCACCCCCCCCCCATTAc > 2:442888/1‑251 (MQ=255) 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aaTGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTTCTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGCTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGGCGCTAAAGTTCTTCACCCCCGCACCATTACCCCC‑ATCGCCCAGTTcc < 2:156689/250‑1 (MQ=255) aaaaaGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGGCGCTAAAGTTCTTCACCCCCGCACCATTACCCCC‑ATCGCCCAGTTCCAGATc < 1:446314/251‑1 (MQ=255) aaaaaGGCGAACTGGGGGTACTTGGACGCATCGGTTCGGACTACGCCGCGGTGGTGCTGGCTGCCTGTTGACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCTCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGGCGCTAAAGTTCTTCACCCCCGCACCAGTACCCCCCATCGCCCAGTTCCAGAt < 2:523213/251‑1 (MQ=255) | CTGCGCTGATTTGCCGTGGCGAGAAAATGTCGATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGCCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTGCTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCTGCTGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGGCGCTAAAGTTCTTCACCCCCGCACCATTACCCCC‑ATCGCCCAGTTCCAGATC > NC_000913/695‑1170 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |