| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,431,220 | C→T | L453L (CTG→TTG) | cycA → | D‑serine/alanine/glycine/:H(+)symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,431,220 | 0 | C | T | 98.8% | 260.1 / ‑5.3 | 83 | L453L (CTG→TTG) | cycA | D‑serine/alanine/glycine/:H(+)symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (29/53); total (30/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
TTCACGATGATTACAACCGTTTCCGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTG‑CTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGT‑TCGTGGT‑CGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCG‑CGCGTGGGAACAGTACATTGTTTTCCAGACTGATGTGATCCATCAGGTCATCAATCAGTTCATTAATGCCGTTATACATCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTAT > NC_000913/4430977‑4431460 | ttCACGATGATTACAACCGTTTCCGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGAAGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAACCAGCGTCCTCATCTACATGAGCAGTCGCTCTACAAGATGCCGCTCGGCCAGCTGATGTG‑ATGGGTCTGTATGGCGTTCTTTGTGT‑TCGTGGT‑CGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGtt > 1:31777/1‑251 (MQ=255) tCACGATGATTACAACCGTTTCCGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTG‑CTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGT‑TCGTGGT‑CGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGtt < 1:438782/250‑1 (MQ=255) tCACGATGATTACAACCGTTTCCGCGATTCTGTTTATGTGCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTG‑CTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGT‑TCGGGGT‑CGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGtt < 2:398873/250‑1 (MQ=255) cACGATGATTACAACCGTTTCCGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTG‑CTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGT‑TCGTGGT‑CGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTgg < 2:144005/251‑1 (MQ=255) cGATGATTACAACCGTTTCCGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTG‑CTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGT‑TCGTGGT‑CGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCTCGTTGGGGTTGggc > 2:343996/1‑251 (MQ=255) atTACAACCGTTTCCGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTGGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTG‑CTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGT‑TCGTGGT‑CGTGTTGCTGACTCTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGggctggct < 2:53451/251‑1 (MQ=255) ttACAACCGTTTCCGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTG‑CTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGT‑TCGTGGT‑CGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGgctggctg > 1:615583/1‑251 (MQ=255) ccGTTTCCGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTG‑CTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGT‑TCGTGGT‑CGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTAtt < 1:498901/251‑1 (MQ=255) ccGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTG‑CTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGT‑TCGTGGT‑CGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTa > 1:105718/1‑249 (MQ=255) cgcgATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTG‑CTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGT‑TCGTGGT‑CGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaaga < 2:301251/251‑1 (MQ=255) ggATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTG‑CTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGT‑TCGTGGT‑CGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaagaag < 2:237428/250‑1 (MQ=255) cgATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTG‑CTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGT‑TCGTGGT‑CGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTaagaag < 1:485368/251‑1 (MQ=255) ggttATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTG‑CTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGT‑TCGTGGT‑CGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCggg < 2:98751/246‑1 (MQ=255) 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tgtgTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTG‑CTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGT‑TCGTGGT‑CGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATg < 1:390036/249‑1 (MQ=255) tgtgTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTG‑CTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGT‑TCGTGGT‑CGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGgc > 1:498885/1‑251 (MQ=255) gtgtATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTG‑CTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGT‑TCGTGGT‑CGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTAAGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGgcg > 1:410646/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |