| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,320,344 | G→A | A107V (GCC→GTC) | phnI ← | carbon‑phosphorus lyase core complex subunit PhnI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,320,344 | 0 | G | A | 96.3% | 423.0 / NA | 165 | A107V (GCC→GTC) | phnI | carbon‑phosphorus lyase core complex subunit PhnI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); major base A (86/71); minor base C (3/3); total (89/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
GTGAGCAGGGGTAAACCGGCGGCGTGCGGGTGATGTCATCCGGCTGTGCGCCGCTATCCTCTTCAAACTTCGCCAGCCCCTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTTCGCTGTCGGCGGTGGTCAGCGTCGGCGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTGTAGTCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGT‑CTTTATAAACG‑GCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAGCTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATC > NC_000913/4320099‑4320588 | tGAGCAGGGGTAAACCGGCGGCGTGCGGGTGATGTCATCCGGCTGTGCGACGCTATCCTCTTCAAACTTCGCCAGCCCCTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTTCGCTGTCGGCGGTGGTCAGCGTCGGCGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTGTAGTCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGT‑CTTTATAAAcg‑acgg > 1:365301/1‑248 (MQ=255) aGCAGGGGTAAACCGGCGGCGTGCGGGTGATGTCATCCGGCTGTGCGCCGCTATCCTCTTCAACCTTCGCCAGCCCCTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTTCGCTGTCGGCGGTGGTCAGCGTCGGCGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTGTAGTCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGT‑CTTTATAAACG‑ACGGAGATa < 2:524408/251‑1 (MQ=255) ggggTAAACCGGCGGCGTGCGGGGGATGTCATCCGGCTGTGCGCCGCTATCCTCTTCAAACTTCGCCAGCCCCTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTTCGCTGTCGGCGGTGGTCAGCGTCGGCGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCACGCGGTGGGTGTAGTCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGT‑CTTTATAAACG‑ACGGAGAGACGGc > 2:129371/1‑251 (MQ=255) aaaCCGGCGGCGTGCGGGTGATGTCATCCGGCTGTGCGCCGCGATCCCCTTCAAACTTCGCCAGCCCCTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTTCGCTGTCGGCGGTGGTCAGCGTCGGCGCTTCGCCGTTGGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTGTAGTCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCGGGCCGCCGGGAATGT‑CTTTATAAGCG‑ACGGAGATACGGCGTTCg < 2:63567/251‑1 (MQ=255) ccGGCGGCGTGCGGGTGATGTCATCCGGCTGTGCGCCGCTATCCTCTTCAAACTTCGCCAGCCCCTGCCGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTTAGCTGTCGGCGGTGGGCAGCGTCGGCGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTGTAGTCGTAGGTTGGGCCCAGCCGCTGGCCGCCGGGCATGT‑CTTTATCAACG‑ACGGAGATAAGGCggtca > 2:313978/1‑244 (MQ=255) gcgTGCGGGTGATGTCATCCGGCTGTGCGCCGCTATCCTCTTCAAACTTCGCCAGCCCCTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTTCGCTGTCGGCGGTGGTCAGCGTCGGCGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTGTAGTCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGT‑CTTTATAAACG‑ACGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATc < 1:221669/251‑1 (MQ=255) gTGCGGGTGATGTCATCCGGCTGTGCGCCGCTATCCTCTTCAAACTTCGCCAGCCCCTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTTCGCTGTCGGCGGTGGTCAGCGTCGGCGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTGTAGTCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGT‑CTTTATAAACG‑ACGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATccc > 1:395290/1‑251 (MQ=255) 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tATCCTCTTAAAAATTCGCCAGCCCCTGCCGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTTCGCTGTCGGCCGTGGTCAGCGTCGGCGCTTCGCCGTTTGGCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTGTAGGCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCCGGAATGT‑ATTTATAAACG‑ACGGAGATACGGCGCTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGccgccagcctacccccacc > 2:36808/1‑233 (MQ=255) tCCTCTTCAAACTTCGCCAGCCCCTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTTCGCTGTCGGCGGTGGTCAGCGTCGGCGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGGGCCGGCGGTGGGTGTAGTCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAA‑GTGCTTTATAAACG‑ACGGGGATACGGCGTTCGAGACGCACCCCGGTGGGGTCGGGCGGCTCGCTTACCGGCAGcat > 2:232354/1‑249 (MQ=255) tctTCAAACTTCGCCAGCCCCTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTTCGCTGTCGGCGGTGGTCAGCGTCGGCGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGCGCAGGCGATGGGTGGAGTCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGT‑CTTTATAAACG‑ACGGAGATACGGCGTTCGGGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCCCGCTTACCGCCAGCTTCGc > 2:506415/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |