| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,318,215 | G→A | L184L (CTG→TTG) | phnK ← | carbon‑phosphorus lyase subunit PhnK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,318,215 | 0 | G | A | 97.4% | 342.5 / NA | 115 | L184L (CTG→TTG) | phnK | carbon‑phosphorus lyase subunit PhnK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (61/49); minor base C (3/0); total (64/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
AGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGCCTG > NC_000913/4317968‑4318460 | gATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTg > 1:164895/1‑251 (MQ=255) tAAGGCGTTTACGCCGCATCAGGCACCGGCACAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATAAGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAACTCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCCAGCAAGCAGGCCTGc > 1:197168/1‑250 (MQ=255) ggtgtgtACGCCGCTTCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAATACCGATGACGCCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACGCTCCACCACTTGCCCCTGCTGCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACTCCTTAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCGCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGATCTAGCGGGCCTGCACCg < 2:576684/245‑1 (MQ=255) ggCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCCGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCCCCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCg > 1:308429/1‑251 (MQ=255) 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ggTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGACGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCCCCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGCAAAGTTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGTCGGGAATCTCCAcc > 1:226653/1‑251 (MQ=255) gTCCGCCAGCAGGCGGGCGCCGCATAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACct > 1:179905/1‑251 (MQ=255) tCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGCTGCGTCACCAGGTTGCGGGAAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCAGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTcccactc > 1:628416/1‑246 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |