| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,223,638 | T→C | intergenic (‑10/‑190) | iclR ← / → metH | DNA‑binding transcriptional repressor IclR/cobalamin‑dependent methionine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,223,638 | 0 | T | C | 96.4% | 167.7 / ‑4.0 | 56 | intergenic (‑10/‑190) | iclR/metH | DNA‑binding transcriptional repressor IclR/cobalamin‑dependent methionine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base C (15/38); total (18/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.16e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCT‑CTTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGC‑TTTT‑ACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGTGGAACAACTGCGTGCGCAGTTAAATGAACGTATTCTGGTG > NC_000913/4223395‑4223881 | ttCGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGTTGCATCGTGGTTAGAAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCAACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGGTTTCTGCCCCGTTTCCCGGGGATGGGGGCGAGCATGCCCGTCT‑CCCTTTTCt > 1:251594/1‑251 (MQ=255) tcggcAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGGTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTTGAATTGGGTAACCCGGCTTGGTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACTCTGCCAGTGGATGCGGCAATCCTCTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGTAATGGGTGCGACCATGACAGTCT‑CCTTTTTCt < 2:590300/246‑1 (MQ=255) tCGCCAACCTTACGCAAGAAGCCCTGGTGTTGCTTCGTGGTGAGCAGGCGGTTGGGCGTGTAATGGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGAGTCGGGAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGATCCGGTCCAGTCGCTGGTGCGGTTGCGATGGCGGTTTTGCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGTTCATGACATTCT‑TCTTTTTCt < 2:31199/250‑1 (MQ=255) cGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCT‑CCTTTTTCTGt < 1:5670/251‑1 (MQ=255) 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ttgttgCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGGTTTCTGCCGCGGTTCGCGGGGATGGGGGCGGCCCTGAAAGTCC‑CCTTTTTCTGTATCGTGGAAAACATTTTTTTTTTTATTTTTTGCTTATGCAATAGTTTCTGAAATTGTCCGAGGAGTTTATGTTgt > 2:589892/1‑249 (MQ=255) tgttgCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCT‑CCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGa < 1:408768/249‑1 (MQ=255) tgtgCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCAGTGGATTCGTCAATCCAGTCCAGTAATTGCAGGCCACTCGTTAAAGACTGAACCTGGCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGTGTTTCGCGGGAATGGGTGCTACCATGACAGTCG‑CCTTTTTCTGTATCGGGGAAAACATTTTCATATTTATTTTTAGCTAATGCAATAGTTAGTGAACTGATCCGATGGGTGAATGGTGatc < 2:587718/248‑3 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |