| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,734,830 | C→T | Q371* (CAG→TAG) | xylH → | xylose ABC transporter membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,734,830 | 0 | C | T | 80.6% | 128.9 / 27.1 | 73 | Q371* (CAG→TAG) | xylH | xylose ABC transporter membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/8); new base T (25/33); total (32/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
CACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCCTGGCTGGCGGTGTGGGAAGCGTTGCCGGAGCAGTAATGGGGGCATTTATCATGGCTTCACTGGATAACGGCATGAGTATGATGGATGTACCGACCTTCTGGCAGTATATCGTTAAAGGTGCGATTCTGTTGCTGGCAGTATGGATGGACTCCGCAACCAAACGCCGTTCTTGATTTTGATAAAAATTTTCTCAAAGCCGGTTACGTATTACCGGTTTTGAGTTTTTGCATGATTCAGCAGGAAAAGAACCATGTTTACTAAACGTCACCGCATCACATTACTGTTCAATGCCAATAAAGCCTATGACCGGCAGGTAGTAGAAGGCGTAGGGGAATATTTACAGGC > NC_000913/3734580‑3735073 | cACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCCTGGCTGGCGGTGTGGGAAGCGTTGCCGGAGCAGTAATGGGGGCATTTATCATGGCTTCACTGGATAACGGCATGAGTATGATGGATGTACCGACCTTCTGGc < 1:35039/251‑1 (MQ=255) cAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCCTGGCTGGCGGTGTGGGAAGCGTTGCCGGAGCAGTAATGGGGGCATTTATCATGGCTTCACTGGATAACGGCATGAGTATGATGGATGTACCGACCTTCTGGTAGt < 1:525655/251‑1 (MQ=255) cAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCCTGGCTGGCGGTGTGGGAAGCGTTGCCGGAGCAGTAATGGGGGCATTTATCAGGGCTTCACTGGATAACGTCATGAGTATGATGTATGTACCGACCTTCTGGTAGt < 2:528768/251‑1 (MQ=255) gtTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCCTGGCTGGCGGTGTGGGAAGCGTTGCCGGAGCAGTAATGGGGGCATTTATCAGGGCTTCACTGGATAACGGCATGAGTTTGATGGATGTACCGACCTTCTGGTAGTATATCGTTaa > 1:127987/1‑249 (MQ=255) 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CACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCCTGGCTGGCGGTGTGGGAAGCGTTGCCGGAGCAGTAATGGGGGCATTTATCATGGCTTCACTGGATAACGGCATGAGTATGATGGATGTACCGACCTTCTGGCAGTATATCGTTAAAGGTGCGATTCTGTTGCTGGCAGTATGGATGGACTCCGCAACCAAACGCCGTTCTTGATTTTGATAAAAATTTTCTCAAAGCCGGTTACGTATTACCGGTTTTGAGTTTTTGCATGATTCAGCAGGAAAAGAACCATGTTTACTAAACGTCACCGCATCACATTACTGTTCAATGCCAATAAAGCCTATGACCGGCAGGTAGTAGAAGGCGTAGGGGAATATTTACAGGC > NC_000913/3734580‑3735073 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |