| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,683,467 | C→T | intergenic (‑20/+163) | dctA ← / ← pdeK | C4 dicarboxylate/orotate:H(+) symporter/c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,683,467 | 0 | C | T | 93.0% | 160.5 / ‑0.8 | 58 | intergenic (‑20/+163) | dctA/pdeK | C4 dicarboxylate/orotate:H(+) symporter/c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/1); new base T (28/25); total (31/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACTGCGCCGGTACGACCGACCGCCTTCATGCTTTCCATGCCCGCAATGCCCGTTACGACGGTACAAAAGATGACAGGAGCGATGATCATCTTAATGAGCTTAACGAAGCCGTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAA‑C‑CACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTG > NC_000913/3683220‑3683698 | gACTGCGCCGGTACGACCGACCGCCTTCATGCTTTCCATGCCCGCAATGCCCGTTACGACGGTACAAACGATGACAGGAGCGATGATCATCTTAATGAGCTTAACGAAGCCGTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGACCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAACGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAA‑T‑cac > 2:465854/1‑251 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ttttCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAA‑T‑CACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGACGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGAAAAAAgg > 1:307512/1‑250 (MQ=255) ttCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAA‑T‑CACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGaa < 1:135762/250‑1 (MQ=255) aGGGTGTCCTTTAGTAAAA‑T‑CACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTg > 1:349715/1‑251 (MQ=255) | GACTGCGCCGGTACGACCGACCGCCTTCATGCTTTCCATGCCCGCAATGCCCGTTACGACGGTACAAAAGATGACAGGAGCGATGATCATCTTAATGAGCTTAACGAAGCCGTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAA‑C‑CACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTG > NC_000913/3683220‑3683698 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |