| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,411,689 | G→T | E13* (GAA→TAA) | yhdJ → | DNA adenine methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,411,689 | 0 | G | T | 97.6% | 118.9 / ‑6.3 | 42 | E13* (GAA→TAA) | yhdJ | DNA adenine methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (19/22); minor base A (0/1); total (19/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
AGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGA‑TTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTG‑ACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAACAGTACGGAAAACATGCCCTTTATC > NC_000913/3411444‑3411934 | aGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGA‑TTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTG‑ACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATTAAGCt > 1:483513/1‑251 (MQ=255) aaCAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGA‑TTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTG‑ACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATTAAGCTaa < 2:481798/251‑1 (MQ=255) aCATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGA‑TTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTG‑ACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACgg < 1:133872/251‑1 (MQ=255) aaTGGGGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGA‑TTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTG‑ACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAAGTAAGCTAAGACCATTATTCACGGt < 2:319301/250‑1 (MQ=255) gTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCGGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGA‑TTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTG‑ACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATg < 2:511044/251‑1 (MQ=255) gATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGA‑TTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTG‑ACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATgcg < 1:24526/251‑1 (MQ=255) acacCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATTAACGAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGA‑TTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTG‑ACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAAGTAAGTTAAGACCATTATTCTCGGTGATgagttttccg < 2:436424/250‑10 (MQ=255) 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aCGGAATGAACTAATTCAGGTTAGCAAAATGTTTGA‑TTAAAAAGGCGCAACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTG‑ACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATg < 2:201657/250‑1 (MQ=255) aaCTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGA‑TTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTG‑ACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCg > 2:165931/1‑251 (MQ=255) atttCAGGTTAGCTAAATTATTGA‑TTAAAAAGGCGCTACGCGTCATGGGGACGCCGCTTTTTGATAGGGTTCACAAAGTGA‑TGTACCATGAAAACAGGAGGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATTTAGCTAACACCATTATTCCCGGTGATGCGCTTGCCAAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAATTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATAGTCTGTTCGaa < 2:534518/247‑1 (MQ=255) aagttagtttAGCTAAATGCTGGA‑TTAAAAAGGGGCTACTCGGCAGGGGTAAGTGCCTTTTTTAGAGGTGTCACAAAGGGAGTG‑CCCATGAGAACGGGATGTGACCCGACCGGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTTACGGTGATGCGCTTGCCGATCTTAAAAAGATCCCCTCCTAAAGTGTCTATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACAGCGTGAAAAATTGTGATTGTCGGATCGAAGc < 2:253296/243‑1 (MQ=255) tAGCTAAATGCTTGA‑TTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTG‑ACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGaa > 1:24653/1‑248 (MQ=255) aaTGCTTGA‑TTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTG‑ACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGGTTCGATCTGCTCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCt > 2:240236/1‑251 (MQ=255) 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gagaACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATAAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTAcatca < 1:300576/251‑1 (MQ=255) gaACAGGATGTGAACCGACCCGGGTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCAGACCCACAATATAACATCGGGAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCAGGTAcatcagg > 2:147104/1‑249 (MQ=255) aGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAAcc > 2:593245/1‑250 (MQ=255) 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tGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAACAGTACGGAAAACATGCCCttt < 1:552590/250‑1 (MQ=255) gTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAATTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGTAGCATGTACATCATGAACAGTACGGAAAACATGCCCTTTATc < 1:104738/251‑1 (MQ=255) | AGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGA‑TTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTG‑ACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAACAGTACGGAAAACATGCCCTTTATC > NC_000913/3411444‑3411934 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |