| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,287,413 | G→A | intergenic (+388/‑13) | agaI → / → yraH | putative deaminase AgaI/putative fimbrial protein YraH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,287,413 | 0 | G | A | 81.1% | 63.8 / 11.8 | 39 | intergenic (+388/‑13) | agaI/yraH | putative deaminase AgaI/putative fimbrial protein YraH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/2); new base A (18/12); total (25/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.35e-01 | |||||||||||
CTATTAATAAATCACCTCGTATTCTGACTCGCCCCCTGGCGCAGCAAAGTCAGGCATTTATACTCTTTTGAATACATAGAAAATTGATATCAATATAATGAAAATATCAAATATTTGCATATAAATATAATCTTAAAGTTCAGTCTATTTAATGTTCAATGAAATATTTCTGCCTGTATAATCTTTAAAGATGTTGAACATATATTCACATTAAATATGATTATGTACTTGTTACAAGGATAAGGTTATATATGAATAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCTTACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAATAGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCA > NC_000913/3287175‑3287662 | cTATTAATAAATCACCTCGTATTCTGACTCGCCCCCTGGCGCAGCAAAGTCAGGCCTTTATACTCTTTTGAATACATAGAAAATTGATATCAATATAATGAAAATATCAAATATTTGCATATAAATATAATCTTAAAGTTCAGTCTATTTAATGTTCAATGAAATATTTCTGCCTGTATAATCTTTAAAGATGTTGAACATATATTCACATTAAATATGATTATGTACTTGTTACAAGAATAAGGTtatat > 2:462438/1‑251 (MQ=255) 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tCAAATATTTGCATATAAATATAATCTTACAGTTCAGTCTATTTAATGTTCAATGAAATATTTCTGCCTGTATAATCTTTAAAGATGTTGAACCTATATTCACATTAAATATGATTATGTACTTGTTACAAGAATAAGGTTATATATGAATAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCTTACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAATCGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAAt > 2:589700/1‑251 (MQ=255) tatTTGCAACTACATATACTGTTAAAGTTCTGTCTATTTAATGTTCAATGCAATATCTATCCCTGTATAACCTTCAACGATGTTGAACCTATATTCACTTTCAATATGAATATGTAATTGTTACACGAATAAGGTTATATATGAATAACGTTACCAACACAGCTATGGAGGGCTTACTTGCGCTTTTCGAGGGTAATGCGCCAGCTACCGATGGTGATATAGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCt > 2:296350/1‑251 (MQ=255) atTTGCATATAAATATAATCTTAAAGTTCAGTCTATTTAATGTTCAATGAAATATTTCTGCCTGTATAATCTTTAAAGATGTTGAACATATATTCACATTAAATATGATTATGTACTTGTTACAAGAATAAGGTTATATATGAATAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCTTACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAATAGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCtt > 1:114519/1‑251 (MQ=255) 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gTACGTGTTACAAGAATAAGGTTATATATGAATAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCTTACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAATAGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCTCTATTCCtt < 2:415562/250‑1 (MQ=255) tGTTAAAAGGATAAGGTTATATATGAATAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCTTACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAATAGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGtt > 1:556401/1‑250 (MQ=255) gATAAGGTTATATATGAATAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCATACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAATAGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGAGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCa > 1:576085/1‑250 (MQ=255) | CTATTAATAAATCACCTCGTATTCTGACTCGCCCCCTGGCGCAGCAAAGTCAGGCATTTATACTCTTTTGAATACATAGAAAATTGATATCAATATAATGAAAATATCAAATATTTGCATATAAATATAATCTTAAAGTTCAGTCTATTTAATGTTCAATGAAATATTTCTGCCTGTATAATCTTTAAAGATGTTGAACATATATTCACATTAAATATGATTATGTACTTGTTACAAGGATAAGGTTATATATGAATAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCTTACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAATAGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCA > NC_000913/3287175‑3287662 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |