| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,929,270 | C→A | L348M (CTG→ATG) | sdaC → | L‑serine:H(+) symporter SdaC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,929,270 | 0 | C | A | 88.6% | 181.8 / 8.7 | 70 | L348M (CTG→ATG) | sdaC | L‑serine:H(+) symporter SdaC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/3); new base A (23/39); total (28/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
GTCTTCAGCTGTGTACTGAGCCTGACTCCGGCAGACCTGGCTGCGGCTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCAACGGTATGGTGATTAAATCTCTGCGTGGTAAAGGTAAGTCTATCGAAATCAACAAGCTGAACCGTATCACTGCGCTGTTCATGCTGGTAACGACCTGGATTGTTGCCACCCTGAACCCGAGCATCCTGGGTATGATTGAAACCCTGGGCGGTCCAATCATCGCGATGATCCTGTTCCTGATGCCGATGTACGCAATTCAGAAAGTACCGGCAATGCGTAAGTACAGCGGTCACATCAGCAACGTATTCGTTGTCGTGATGGGTCTGATTGCAATCTCCGCAATCTTCTACTCTCTGTTC > NC_000913/2929024‑2929512 | gTCTTCAGCTGTGTACTGAGCCTGACTCCGGCAGACCTGGCTGCGGCTATAGCGCAGAACATCTCAATTCTGTATATCCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATAGAGTGGACGGCTACGATTATCGCGATTATCGCTATCACTAAATCCTTCCTCGGTCACTCCCTGGGCGCACGTGAAGGCCTCAACGGTATGGTGATTAAATCTCTGCGTGGTAAAGGTAAGTCTATCGAAATCAACAAGATGa > 1:362693/1‑250 (MQ=255) 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aaaGGTAAGTCTATCGAAATCAACAAGATGAACCGTATCACTGCGCTGTTCATGCTGGTAACGACCTGGATTGTTGCCACCCTGAACCCGAGCATCCTGGGTATGATTGAAACCCTGGGCGGTCCAATCATCGCGATGATCCTGTTCCTGATGCCGATGTACGCAATTCAGAAAGTACCGGCAATGCGTAAGTACAGCGGTCACATCAGCAACGTATTCGTTGTCGTGATGGGTCTGATTGCAATCTCCg < 1:603302/250‑1 (MQ=255) aaaGGTAAGTCTATCGAAATCAACAAGATGAACCGTATCACTGCGCTGTTCATGCTGGTAACGACCTGGATTGTTGCCACCCTGAACCCGAGCATCCTGGGTATGATTGAAACCCTGGGCGGTCCAATCATCGCGATGATCCTGTTCCTGATGCCGATGTACGCAATTCAGAAAGTACCGGCAATGCGTAAGTACAGCGGTCACATCAGCAACGTATTCGTTGTCGTGATGGGTCTGATTGCAATCTCCGc < 1:123878/251‑1 (MQ=255) tAAGTCTATCGAAATCAACAAGATGAACCGTATCACTGCGCTGTTCATGCTGGTAACGACCTGGATTGTTGCCACCCTGAACCCGAGCATCCTGGGTATGATTGAAACCCTGGGCGGTCCAATCATCGCGATGATCCTGTTCCTGATGCCGATGTACGCAATTCAGAAAGTACCGGCAATGCGTAAGTACAGCGGTCACATCAGCAACGTATTCGTTGTCGTGATGGGTCTGATTGCAATCTCCGCAAtct > 1:410094/1‑251 (MQ=255) aGTCTATCGAAATCAACAAGCTGAACCGTATCGCTGCGCGGTTCATGCTGGGAACGACCGGGATTGTTGCCACCCTGAACCCGAGCATCCTGGGTATGATTGAAACCCTGGGCGGTCCAATCATCGCGATGATCCTGTTCCTGATGCCGATGTACGCAATTCAGAAAGTACCGGCAATGCGTAAGTACAGCGGTCACATCAGCAACGTATTCGTTGGCGTGATGGGTCTGATTGCAATCTCCGCAAtcttt < 2:270420/251‑2 (MQ=255) cTATCGAAATCAACAAGATGAACCGTATCACTGCGCTGTTCATGCTGGTAACGACCTGGATTGTTGCCACCCTGAACCCGAGCATCCTGGGTATGATTGAAACCCTGGGCGGTCCAATCATCGCGATGATCCTGTTCCTGATGCCGATGTACGCAATTCAGAAAGTACCGGCAATGCGTAAGTACAGCGGTCACATCAGCAACGTATTCGTTGTCGTGATGGGTCTGATTGCAATCTCCGCAATCTTCTAc > 1:297554/1‑251 (MQ=255) tCGAAATCAACAAGATGAACCGTATCACTGCGCTGTTCATGCTGGTAACGACCTGGATTGTTGCCACCCTGAACCCGAGCATCCTGGGTATGATTGAAACCCTGGGCGGTCCAATCATCGCGATGATCCTGTTCCTGATGCCGATGTACGCAATTCAGAAAGTACCGGCAATGCGTAAGTACAGCGGTCACATCAGCAACGTATTCGTTGTCGTGATGGGTCTGATTGCAATCTCCGCAATCTTCTActct > 2:194551/1‑251 (MQ=255) cGAAATCAACAAGATGAACCGTATCACTGCGCTGTTCATGCTGGTAACGCCCTGGATTGTTGCCACCCTGAACCCGCGCATCCTGGGTATGATTGAAACCCTGGGCGGTCCAATCATCGCGATGATCCTGTTCCTGATGCCGATGTACGCAATTCAGAAAGTACCGGCAATGCGTAAGTACAGCGGTCACATCAGCAACGAATTCGTTGTCGAGATGGGTCTGATTGCAATCTCCGCAATCTTCTActctc > 2:516850/1‑251 (MQ=255) aTCAACAAGATGAACCGTATCACTGCGCTGTTCATGCTGGTAACGACCTGGATTGTTGCCACCCTGAACCCGAGCATCATGGGTATGATTGAAACCATGGGCGGTCCAATCATCGCGATGATCCTGTTCCTGATGCCGATGTACGCAATTCAGAAAGTACCGGCAATGCGTAAGTACAGCGGTCACATCAGCAACGTATTCGTTGTCGTGATGGGTCTGATTGCAATCTCCGCAATCTTCTACTCTCTGtt > 1:497882/1‑251 (MQ=255) caacaaGATGAACCGTATCACTGCGCTGTTCATGCTGGTAACGACCTGGATTGTTGCCACCCTGAACCCGAGCATCCTGGGTATGATTGAAACCCTGGGCGGTCCAATCATCGCGATGATCCTGTTCCTGATGCCGATGTACGCAATTCAGAAAGTACCGGCAATGCGTAAGTACAGCGGTCACATCAGCAACGTATTCGTTGTCGTGATGGGTCTGATTGCAATCTCCGCAATCTTCTACTCTCTGTTc < 2:432368/250‑1 (MQ=255) caacaaGATGAACCGTATCACTGCGCTGTTCATGCTGGTAACGACCTGGATTGTTGCCACCCTGAACCCGAGCATCCTGGGTATGATTGAAACCCTGGGCGGTCCAATCATCGCGATGATCCTGTTCCTGATGCCGATGTACGCAATTCAGAAAGTACCGGCAATGCGTAAGTACAGCGGTCACATCAGCAACGTATTCGTTGTCGTGATGGGTCTGATTGCAATCTCCGCAATCTTCTACTCTCTGTTc > 1:454473/1‑250 (MQ=255) caacaaGATGAACCGTATCACTGCGCTGTTCATGCTGGTAACGACCTGGATTGTTGCCACCCTGAACCCGAGCATCCTGGGTATGATTGAAACCCTGGGCGGTCCAATCATCGCGATGATCCTGTTCCTGATGCCGATGTACGCAATTCAGAAAGTACCGGCAATGCGTAAGTACAGCGGTCACATCAGCAACGTATTCGTTGTCGTGATGGGTCTGATTGCAATCTCCGCAATCTTCTACTCTCTGTTc > 1:456252/1‑250 (MQ=255) | GTCTTCAGCTGTGTACTGAGCCTGACTCCGGCAGACCTGGCTGCGGCTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCAACGGTATGGTGATTAAATCTCTGCGTGGTAAAGGTAAGTCTATCGAAATCAACAAGCTGAACCGTATCACTGCGCTGTTCATGCTGGTAACGACCTGGATTGTTGCCACCCTGAACCCGAGCATCCTGGGTATGATTGAAACCCTGGGCGGTCCAATCATCGCGATGATCCTGTTCCTGATGCCGATGTACGCAATTCAGAAAGTACCGGCAATGCGTAAGTACAGCGGTCACATCAGCAACGTATTCGTTGTCGTGATGGGTCTGATTGCAATCTCCGCAATCTTCTACTCTCTGTTC > NC_000913/2929024‑2929512 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |