Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,384,808 | C→T | K305K (AAG→AAA) | yfbK ← | IPR002035/DUF3520 domain‑containing protein YfbK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,384,808 | 0 | C | T | 97.7% | 130.7 / ‑4.5 | 43 | K305K (AAG→AAA) | yfbK | IPR002035/DUF3520 domain‑containing protein YfbK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (24/18); total (24/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 |
ATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATGCCGCCCTTAATAAACCCCTTC‑GTCGCCTGCTGATAAGCCAGTTCCAGCCCGGCACCGCCATTGGTACTGCCTTCGGCATCCAGCGAATCAATTGCGGCATTAATTTCCGCCTTATGACTCCCGGAGATAGAAGGCAATGCAATACGGGAGTCGCCAGCGTAGGTCACGATGGCAATGTTATCCTGCTCACGAAGTTCTTTGACCAATAATTTCAACGAAGACTGGATAAGTGGCAAACGTTCATCAGAAATCATTGAAC > NC_000913/2384562‑2385049 | aTTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATGCCGCCCTTAATAAACCCTTtc < 2:523037/250‑1 (MQ=255) tCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATGCCGCCCTTAATAAACCCTTtc‑gt < 1:236226/250‑1 (MQ=255) tACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGATGTAATTGCTATTCACCACGCCAAACGTCGAAAGAGTAACACCAGACTCCCGATGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGATAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGAGATTGATGCCGCACTTAATAAACCCTTTC‑GTCGCct > 1:232951/1‑251 (MQ=255) gcgcTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTAGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATGCCGCCCTTAATAAACCCTTTC‑GTCGCCTGCTGa < 1:284909/248‑1 (MQ=255) 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tATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATGCCGCCCTTAATAAACCCTTTC‑GTCGCCTGCTGATAAGCCAGTTCCAGCCCg > 2:362833/1‑251 (MQ=255) aaTGTAGCTGTAGTTGCCGTTCCCAACCTCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTAACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATGCCGCCCTTAATAAACCCTTTC‑GTCGCCTGCTGATAAGCCAGTTCCAGCCCGGCAc > 2:141158/1‑251 (MQ=255) tGCCTTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTATTTGCTATTCCCCACGCAAAACGTCGACAGAGTAACCCCAGCCTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAAGGCCAACGTTAAAGTCCCCTTCAGTGGCTAATAAAATGCGATGGATGCCGCCCTTAATAACCCCTTTC‑GTCGCCTGCTGATAAGCCAGTTCCAGCCCGGCACCGCCATTGGTACt < 2:478737/250‑1 (MQ=255) 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cccGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTGGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGAGGCCGCCCTTAATAAACCCTTTC‑GTCGCCTGCTGATAAGCCAGTTCCAGCCCGGCACCGCCATTGGTACTGCCTTCGGCATCCAGCGAATCAATTGCGGCATTAATTTCCGCCTTATGACTCCCGGAGATAGAAGGCAATGCAATACGGGAGTCGCCAg < 1:25486/249‑1 (MQ=255) ccGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTACTACAATGCGATTGATGCCGCCCTTACTAAACCCTTTC‑GTCGCCTGCTGATACGCCAGTTCCAGCCCGGCCCCGCCATTGGTCCTGCCTTCGGCATCCAGCGAATCTATTGCGGCATTACTTTCCGCCTTATGACTCCCGGAGATAGAAGGCAATGCACTACGGGAGTCGCCAGCGt > 1:299555/1‑251 (MQ=255) gCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCAAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATGCCGCCCTTAATAAACCCTTTC‑GTCGCCTGCTGATAAGCCAGTTCCAGCCCGGCACCGCCATTGGTACTGCCTTCGGCATCCAGCGAATCAATTGCGGCATTAATTTCCGCCTTATGACTCCCGGAGATAGAAGGCAATGCAATACGGGAGTCGCCAGCGTAg < 1:428373/251‑1 (MQ=255) 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aaCGTGAAAGTCACCGTCAGTGGCTAAAAAAAGGCGATTGATGCCGCCCTAAAAAAACCCTGTC‑GTCGCCTGCTTATAAGCCAGTGCCAGCCCGGCACCGCCATTGGGACTGCCTTCGGCAGCCAGCGAATCAATGGCGTCATTAATTTCCGCCTTATGACTCCCGGAGATAGAAGGCAATGCAAGACGGGAGTCGCCATCGTAGGTCACGATGGCAATGTTATCCTGCTCACGAAGTTCTTTGACCaata < 1:261225/251‑1 (MQ=255) aGTCACCGTCAGTGGCTACTAACATGCGATTGATGCCGCCCTTAATAAACCCTTTC‑GTCGCCTGCTGATAAGCCAGTTCCAGCCCGGCACCGCCATTGGTACTGCCTTCGGCATCCAGCGAATCAATTGCGGCATTAATTTCCGCCTTATGACTCCCGGAGATAGAAGGCAATGCAATACGGGGGTCGCCGGCGTAGGTCACGATGGCAATGTTATCCTGCTCACGAAGTTCTTTGACCAATAATTTCAAc > 1:485214/1‑251 (MQ=255) gTCACCGTTAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATGCCGCCCTTAATAAACCCTTTC‑GTCGCCTGCTGATAAGCCAGTTCCAGCCCGGCACCGCAATTGGTACTGCCTTCGGCATCCAGCGAATCAATTGCGGCATTAATTTCCGCCTTATGACTCCCGGAGATAGAAGGCAATGCAATACGGGAGTCGCCAGCGTAGGTCACGATGGCAATGTTATCCTGCTCACGAAGTTCTTTGACCAATAATTTCAACg > 1:359492/1‑251 (MQ=255) 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ATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATGCCGCCCTTAATAAACCCCTTC‑GTCGCCTGCTGATAAGCCAGTTCCAGCCCGGCACCGCCATTGGTACTGCCTTCGGCATCCAGCGAATCAATTGCGGCATTAATTTCCGCCTTATGACTCCCGGAGATAGAAGGCAATGCAATACGGGAGTCGCCAGCGTAGGTCACGATGGCAATGTTATCCTGCTCACGAAGTTCTTTGACCAATAATTTCAACGAAGACTGGATAAGTGGCAAACGTTCATCAGAAATCATTGAAC > NC_000913/2384562‑2385049 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |