| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,201,548 | A→C | T18P (ACC→CCA) | ymfI → | uncharacterized protein YmfI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,201,548 | 0 | A | C | 89.7% | 76.2 / 5.5 | 29 | coding (52/342 nt) | ymfI | uncharacterized protein YmfI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (9/17); minor base . (2/1); total (11/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.82e-01 | |||||||||||
AGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCACAACGCTAAGGATTCTCTCTGGTTGAAAATACTTAGCTGTTATGTGCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGACCAAAA‑AATTTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACATTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATT > NC_000913/1201306‑1201791 | aGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCACAACGCTAAGGATTCTCTCTGGTTGAAAATACTTAGCTGTTATGTGCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAG‑CCaaaa‑aa > 2:419674/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |