| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,127,338 | G→A | G178D (GGC→GAC) | yceM → | putative oxidoreductase YceM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,127,338 | 0 | G | A | 96.7% | 178.8 / NA | 61 | G178D (GGC→GAC) | yceM | putative oxidoreductase YceM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (34/25); minor base C (1/1); total (35/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCAGAAAATCTGCGCGATGCTGAACGGCTGGTGGAAC‑TGGCGGCGCGGAAAAAACTGACGTTGATGGTCGGTTTTAACCGTCGTTTCGCACCACTCTACGGTGAGTTAAAAACGCAACTCGCCACCGCAGCCTCGCTAAGAATGGATAAACATCGTAGCAATAGCGTCGGGCCACACGATCTTTATTTCACGTTGCTGGATGATTATCTGCATGTGGTGGATACCGCGCTGTGGTTGTCGGGCGGCAAAGCCTCTCTGGATGGCGGTACGCTACTGACTAACGACGCTGGCGAAATGCTGTTTGCCGAGCACCATTTTTCGGCTGGTCCTTTGCAGATCACCACCTGTATGCATCGCCGTGCCGGAAGTCAGCGTGAAACCGTGCAGGCCGTGACTGACGGTGCGCTCATCGACATTACGGATATGCGCGAATGGCGTGAGGAGCGC‑GGGCAGGGCGTAGTGCATAAACCGATTCCTGGTTGGCA > NC_000913/1127093‑1127578 | ggCAGAAAAACTGCGCGATGCTGAACGGCTGGTGGAAC‑TGGCGGCGCGGAAAAAACTGACGTTGATGGTCGGTTTTAACCGTCGTGTCGCACCACGCTACGGTGAGTTAAAAACGCAACTCGCCACCGCAGCCTCGCGAAGAATGGATAAACATCGTAGCAATAGCGTCGGGCCACACGATCTTTATTGCACGTTGCTGGATGATGATCTGCATGTGGTGGATACCGCGCTGTGGTGGTCGAGCGACAAAg < 2:276315/251‑1 (MQ=255) 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gATACCGAGCTGTGGTTGTCGAGCGACAAAGCCTCTCTGGATGGCGGTACGCTACTGACTAACGACGCTGGCGAAATGCTGTTTGCCGAGCACCATTTTTCGGCTGGTCCTTTGCAAATCACCACCTGTATGCCTCGCCGTGCCGGAAGGCGCCGTGAAACCGTGCAGGCCGTAACTAACGTTGCGCGCATCGACATTACGGATATACGCGGAGGGCGTG‑GGAGGGCCGGGCAGGGCGAAGGGCATaaccc > 2:126562/1‑248 (MQ=255) gcTGTGGTTGTCGAGCGACAAAGCCTCTCTGGATGGCGGTACGCTACTGACTAACGACGCTGGCGAAATGCTGTTTGCCGAGCACCATTTTTCGGCTGGTCCTTTGCAGATCACCACCTGTATGCATCGCCGTGCCGGAAGTCAGCGTGAAACCGTGCCGGCCGTGACTGACGGTGCGCTCATCGACATTACGGATATGCGCGAATGGCGTGAGGAGCGC‑GGGCAGGGCGTGGTGCATAAACCGATTCCTg > 2:254467/1‑251 (MQ=255) gcTGTGGATATCGAGCGACAAAGCCTCTCTGGACGGCGGTAAGCTACTGACTAACGACACTGGCGACCTGCTGTTTGCCGAGCACCCTTTTTCGGCTGGTCCTTTGCCGATCACCCCCTGTATGCATCGCCGTGCCGGCAGTCAGCGTGAAACCGTGCAGGCCGTGACTGACGCAGCGCTCATCGACATTACGGATATGCGCGAATGGCGTGAGGAGCGC‑GGGCGGGGCGGAGAGCTTAGACCGATTCCTg > 2:570482/1‑251 (MQ=255) ttGTCGGGCGACAAAACCTCTCTGGCTGGCGTTACGCTACTGACTAACGACGCTGGCGAAATGCTGTTTGCCGAGCACAATTTTTCGGCTGGTCCTTTGAAGATAACCAACTGAATGCATCGACGGGCCGGAAGTAAGCGGGAAACCGGGCCGGCCGTGACTGTCGAGGCGCTCATCGACATTACGGAAATGCGCGAATGGAGTGAGGCGCGC‑GGGCACGGCGTAGTGCGTTAACCGATTCGTAGTTggtg > 2:22549/1‑249 (MQ=255) | GGCAGAAAATCTGCGCGATGCTGAACGGCTGGTGGAAC‑TGGCGGCGCGGAAAAAACTGACGTTGATGGTCGGTTTTAACCGTCGTTTCGCACCACTCTACGGTGAGTTAAAAACGCAACTCGCCACCGCAGCCTCGCTAAGAATGGATAAACATCGTAGCAATAGCGTCGGGCCACACGATCTTTATTTCACGTTGCTGGATGATTATCTGCATGTGGTGGATACCGCGCTGTGGTTGTCGGGCGGCAAAGCCTCTCTGGATGGCGGTACGCTACTGACTAACGACGCTGGCGAAATGCTGTTTGCCGAGCACCATTTTTCGGCTGGTCCTTTGCAGATCACCACCTGTATGCATCGCCGTGCCGGAAGTCAGCGTGAAACCGTGCAGGCCGTGACTGACGGTGCGCTCATCGACATTACGGATATGCGCGAATGGCGTGAGGAGCGC‑GGGCAGGGCGTAGTGCATAAACCGATTCCTGGTTGGCA > NC_000913/1127093‑1127578 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |