| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,112,421 | C→T | S520F (TCT→TTT) | opgH → | osmoregulated periplasmic glucans biosynthesis protein H |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,112,421 | 0 | C | T | 98.0% | 151.3 / NA | 49 | S520F (TCT→TTT) | opgH | osmoregulated periplasmic glucans biosynthesis protein H |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (27/21); minor base G (0/1); total (27/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
GGTTCCTTTGCCGGTTCAATCCTGTCACATGACTTCGTGGAAGCGGCGTTGATGCGCCGTGCAGGTTGGGGGGTCTGGATTGCTTACGATCTCCCGGGTTCTTATGAAGAATTGCCGCCTAACTTGCTTGATGAGCTAAAACGTGACCGCCGATGGTGCCACGGTAACCTGATGAACTTCCGTCTGTTCCTGGTGAAGGGTATGCACCCGGTTCACCGTGCGGTGTTCCTGACGGGCGTGATGTCTTATCTCTCCGCTCCGCTGTGGTTTATGTTCCTCGCGCTCTCTACTGCATTGCAGGTAGTGCATGCGTTGACCGAACCGCAATACTTCCTGCAACCACGGCAGTTGTTCCCAGTGTGGCCGCAGTGGCGTCCTGAGCTGGCGATTGCACTTTTTGCTTCGACCATGGTGCTGTTGTTCCTGCCGAAGTTATTGAGCATTTTGCTTATCTGGTGCAAAGGAACGAAAGAATACGGCGGCTTCT > NC_000913/1112177‑1112663 | ggTTCCTTTGCCGGTTCAATCCTGTCACATGATTTCGTGGACGCGGCGTTGATGCGCCGTGCAGGTTGGGGGGTCTGGATTGCTTACGATCTCCCGGGTTCTTATGAAGCATTGCCGCCTAACTTGCTTGATGAGCTAAAACGTGACCGCCGATGGTGACACGGTAACCTGATGAACTTCCGTCTGTTCCTGGTGAAGGGTATGCACCCGGTTCACCGTGCGGTGTTCCTGACGGTCGTGATGTTTTAtct > 2:274664/1‑251 (MQ=255) 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GGTTCCTTTGCCGGTTCAATCCTGTCACATGACTTCGTGGAAGCGGCGTTGATGCGCCGTGCAGGTTGGGGGGTCTGGATTGCTTACGATCTCCCGGGTTCTTATGAAGAATTGCCGCCTAACTTGCTTGATGAGCTAAAACGTGACCGCCGATGGTGCCACGGTAACCTGATGAACTTCCGTCTGTTCCTGGTGAAGGGTATGCACCCGGTTCACCGTGCGGTGTTCCTGACGGGCGTGATGTCTTATCTCTCCGCTCCGCTGTGGTTTATGTTCCTCGCGCTCTCTACTGCATTGCAGGTAGTGCATGCGTTGACCGAACCGCAATACTTCCTGCAACCACGGCAGTTGTTCCCAGTGTGGCCGCAGTGGCGTCCTGAGCTGGCGATTGCACTTTTTGCTTCGACCATGGTGCTGTTGTTCCTGCCGAAGTTATTGAGCATTTTGCTTATCTGGTGCAAAGGAACGAAAGAATACGGCGGCTTCT > NC_000913/1112177‑1112663 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |