| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 234,017 | G→A | intergenic (‑62/+10) | mltD ← / ← gloB | membrane‑bound lytic murein transglycosylase D/hydroxyacylglutathione hydrolase GloB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 234,017 | 0 | G | A | 95.8% | 142.6 / ‑1.9 | 48 | intergenic (‑62/+10) | mltD/gloB | membrane‑bound lytic murein transglycosylase D/hydroxyacylglutathione hydrolase GloB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (20/26); total (21/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.36e-01 | |||||||||||
CACCATCTGGCGCGATAGACGTCCCATCGTCCATCCATCGTGCCTGACTTGTAAACTTTGCTGCTTCCCCTTGACCAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTGCCCGTAACTCCTTAACTTTACGATAATAATCATTTATGGACAAATCGTGCGGA > NC_000913/233784‑234246 | cACCATCTGGCGCGCTAGACGTCCCCTCGGCCACCCATCCTGCCTGACGTGTAAACTTTGCTGCTTCCCCTTGGCCAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGTGAGTAATATCGCTTTTGCCTACATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGAACATATCGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAAcc < 2:307097/251‑1 (MQ=255)cACCATCGGGCGCGATAGACGTCCCAGCGTCCATCCATCGTGCCTGACTTGTAAACTTTGCTGCTTCCCCTTGACCAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGTGAGTAAGATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGGCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTGTTATCAGAAcc < 2:612798/251‑1 (MQ=255) ggCGCGATAGACGTCCCAGCGTCCATCCATCGTGCCTGACTTGTAAACTTTGCTGCTTCCCCTTGACCAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTAtc < 2:280038/247‑1 (MQ=255) gTCCCATCGTCCATCCATCGTGCCTGACTTGTAAACTTTGCTGCTTCCCCTTGACCAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAAc > 1:348484/1‑251 (MQ=255) gTCCATCCATCGTGCCTGACTTGTAAACTTTGCTGCTTCCCCTTGACCAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCaa > 1:507362/1‑250 (MQ=255) gTCCATCCAGCGTGCCTGACTTGTAAACTTTGCTGCTTCCCCTTGACCAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCaaa < 1:278634/251‑1 (MQ=255) ccaaccatcGTGCCTGACTTGTAAACTTTGCTGCTTCCCCTTGACCAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAAc < 1:74394/247‑1 (MQ=255) ccatcGTGCCTGACTTGTAAACTTTGCTGCTTCCCCTTGACCAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGACAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGct < 1:60124/250‑1 (MQ=255) ccatcGTGCCTGACTTGTAAACTTTGCTGATTCCCCTTGACCAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCCTGCAAAACGctc > 2:187997/1‑251 (MQ=255) atcGTGCCTGACTTGTAAACTTTGCTGCTTCCCCTTGACCAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAAcc > 1:242780/1‑236 (MQ=255) atcGTGCCTGACTTGTAAACTTTGCTGCTTCCCCTTGACCAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAAcc < 2:242780/236‑1 (MQ=255) tgctgcTTCCCCTTGACCAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATAGCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTCGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGttt < 1:50384/250‑1 (MQ=255) ttCCCCTTGACCAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCCTGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTAt > 1:604490/1‑190 (MQ=255) ttCCCCTTGACCAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAATTTTTATCAGAACCTAt < 2:604490/190‑1 (MQ=255) ccccTTGACCAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGCACGTTGCCGGTACTCTGGGAACCTACGAGCAGGACAGAGTCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGTTGTCAAAAAAGTTTTATCAGAGCCTATCTTGCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGCTTGTTGCAATAATGTTTCTTcatta < 1:275135/250‑1 (MQ=255) tGACCAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTGGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTGCTTcattaatta < 2:178673/249‑1 (MQ=255) gtccAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGGTTCTTcattaattaca < 2:462345/248‑1 (MQ=255) aCCAGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGGGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGGTTTATCAGAACCTATCTTTCTTGGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGTTTGTTGCAATAATGTTTCTTcattaatgacatt < 2:601139/251‑1 (MQ=255) aGCTGCAGAAAGGCTCTGTGCGTGCTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCGTcattaattacattaat < 1:496594/251‑1 (MQ=255) gcTGTTGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGCCCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACCAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGCCCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCACTATCTTCCGTTCtt > 1:270120/1‑250 (MQ=255) ttGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTaaaa < 1:78436/250‑1 (MQ=255) ttGAACGTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTaaaa > 2:194267/1‑250 (MQ=255) gTTGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACAtt < 2:348484/251‑1 (MQ=255) tGCCGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGATTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCCGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTa > 2:475392/1‑250 (MQ=255) ccGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAAtt < 1:56174/251‑1 (MQ=255) ccGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAAtt < 1:604422/251‑1 (MQ=255) cGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGt > 2:213467/1‑192 (MQ=255) cGGTACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGt < 1:213467/192‑1 (MQ=255) tACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTcattaattacat < 2:137324/206‑1 (MQ=255) tACTCTGGCAACCCACGAGCAGGACAGAGGCGAGTAATATCGCTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAAAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTcattaattacat > 1:137324/1‑206 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |