| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 81,102 | G→A | S286L (TCG→TTG) | leuB ← | 3‑isopropylmalate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 81,102 | 0 | G | A | 98.8% | 258.8 / NA | 83 | S286L (TCG→TTG) | leuB | 3‑isopropylmalate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (41/41); minor base C (1/0); total (42/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAGCCATGATTACACCCCTTCTGCTACATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCGAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGTTAACGATCTCCCGCCAT > NC_000913/80858‑81347 | tAGCCATGATTACACCCCTTCTGCTACATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCAAgccg < 1:142282/250‑1 (MQ=255)tAGCCATGATTACACCCCTTCTGCTACATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCAAgc < 1:435756/248‑1 (MQ=255) aacgccccccctcctcgttggctgtcAATGATGTGGCCCATTTCAACGGTCCTAACGGCGGCAGCGACACGGGCTAAATCCTCGGTGCGAATGGCTTCTTCTACAGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAACGAAAGGATTTGTGTAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGtt < 2:156527/225‑1 (MQ=255) cacCCCTTCTGCTACATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCAt > 1:496092/1‑251 (MQ=255) cacCCCTTCTGCTAAATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTACATCCCCGGTGCGCATGCCTTCTTCTAATGCGCGGGTAATGGCGCGTTCAATAGCGAAAGCCGCATCCTCGGCATCTCGGCTGTTCCGCAGCAGCAGTGACAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTTGCGATGTTTTTG‑ACTGCGATATCTGCTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTcct > 1:409977/1‑249 (MQ=255) cccTTCTGCTACATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACa < 1:512828/251‑1 (MQ=255) ttCTGCTACATAGCGAGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGCATGCCTTATTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGAAGCAGCAGTGCCAGCGAACGGATTTGTGCACTCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGTCATCTGGTGCCAAACCACCCGCCGGTTCATACAGTc > 2:524924/1‑251 (MQ=255) aCATGGCGGGCATTGATATCGCCCTTTTCATCGGTCTTAGCGGCGGCAGCCCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTACTAAGGCGCGTTTAATGGCGCGTTCAAGGGCGCAAGCCGCATCATCGGCACCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCGGGGGCAAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCaaa < 2:359032/248‑1 (MQ=255) acggggCAATGATACCGCCCCTTGCACCGGTGCTAACGGCGGCAGCGCCCCGGGCTAAACCCCCGGTGCGAATGCTTTCTTCTAATGCGCGTTTAAGGGCGCGTTCAAGGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCGGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTGG‑CCTGCGATATCTGGTCCCAGGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGc < 2:87801/248‑1 (MQ=255) ggCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGTCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAAGGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGTTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGGGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGt < 1:556180/251‑1 (MQ=255) gCAATGATATCGCCCTTTTCTTCGTTACTAACGGCGGCAGCGCCACGTGCTAATTCCCCGGTGCGAATGCCTTTTTCTAAGGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCTCCCTGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGtt < 1:53748/251‑1 (MQ=255) aaTGATATCGCCCATTTCTCCGGACCTAACGGGGCCAGGGCCACGGGCTAAATCCCGGGTGGGAATGCTTTCGTTTAATGCGCGGTTAATGGCGCGGTCAATGGCGCAAGCCGAATCATCGGCATCCAGGCTGTACCGCAGAAGCAGTTCCAGCGAAAGTATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTGTTTG‑CCTGCGATATTTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCa < 1:424169/251‑1 (MQ=255) atCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCCTCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGAAATCGGGGTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGGTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTgg > 1:424840/1‑251 (MQ=255) atCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTg < 1:233646/250‑1 (MQ=255) cGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGAGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAACCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGCTTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCg > 1:49790/1‑251 (MQ=255) ccATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCCGCAGTGCCCGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGGTATCTGGTGCCAAACCGCCCGCCGGCTTATACAGTCCCAAACCTTGCTCGGTCAGGCTGGCggg > 2:516995/1‑249 (MQ=255) tttCACCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAgg < 1:66288/250‑1 (MQ=255) aTCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAAc > 1:423410/1‑250 (MQ=255) gtatcaaCGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGTGGCAAATGCTGTCTTCTAATGGGCGGTTAAGGGCGCGTTAAATGTCGCAAGCCGCATAAACGGCATCCAGGCTGTAACCCAGCAGCAGGGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTGGGCGATTTTTTTG‑CCTGCGATATCTGTTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTTGCGGAAGGCAACATccc < 2:254110/246‑1 (MQ=255) tACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAAAGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGAGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAACAGAGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATcccc > 1:204434/1‑251 (MQ=255) aCTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCGAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATcccc > 1:200349/1‑250 (MQ=255) agcggcggCAGCCCCACGGGCTAATTCCCCGGTGCTAATTCCTTCTTCAAAGGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCAGCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCGGGCGAAAGGATTTGTGGAATCGGGTTGGGGATGTTTTGG‑CTTGCGATATCTGTTGCGAAGCCGCCCGGCGGTTCATACAATCCAAAACCTTGCGCGGTCAGGCTGGCGGAAGACAACATCCCCATCg < 2:567822/249‑1 (MQ=255) 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gAATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATg > 1:409113/1‑251 (MQ=255) aaTGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGt > 1:209915/1‑251 (MQ=255) aaTGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGt > 2:346034/1‑251 (MQ=255) 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cATCCAGGCTGTAACGCAGCGGCAGTGCCGGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGAGGTTTTTG‑CCGGCGATATCTGGGGCCAGGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTGGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCAGTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTGAAGCAGCTGc < 2:230290/251‑1 (MQ=255) gCTGTAACGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCAtggtgg > 1:579713/1‑251 (MQ=255) aaCGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTG‑CCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCCGCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTg < 1:213456/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |