| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 46,247 | T→C | I147I (ATT→ATC) | yaaU → | putative transporter YaaU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 46,247 | 0 | T | C | 98.2% | 177.5 / NA | 56 | I147I (ATT→ATC) | yaaU | putative transporter YaaU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (28/27); minor base A (1/0); total (29/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
GTTCGTTGGCACATCGCTGTTTGGTTATATTTCCGATAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGTGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTACGCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATCAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATGAAGAGCAGCCGCA > NC_000913/46004‑46492 | gTTCGTTGGCACATCGCTGTTTGGCTATATTTCCGATAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATAGCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATcgccgc < 2:479154/249‑1 (MQ=255) tgcGTTGGCTCATCGCTGTTTGGCGATATTTCCGATAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATGGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCAGCCCCCGTCGAACTGGTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGGCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCGTTATcgccgcca < 2:554195/248‑3 (MQ=255) cGCTGTTTGGCTATATTTCCGATAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTTCCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGgc < 1:30579/251‑1 (MQ=255) cGCTGTTTGGCTATATTTCCGATAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGTTATGTCGgc < 2:289469/251‑1 (MQ=255) cGCTGTTTGGCTATATTTCCGATAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGgc < 1:550889/251‑1 (MQ=255) cGCTGTTTGGCTATATTTCCGATAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGgc > 1:45149/1‑251 (MQ=255) gCTGTTTTGCTATATGTCCGATCAAGTCGGGCGGCGCACACTGTTCCTTATGGATATCCGCTCCATCGGCGTGATCTCGATGGCGACAATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTAATGCGTGGACTTATCGTCATTATCATCTGTGCAGATTATCCCATCGCCACATCAATACTCACCCAGTTCTCCAGTACCCATCAGCGGACTCTTTCCCTCAGCTTGATCGCCGCCATGTGGTATgacgacg > 2:177218/1‑245 (MQ=255) gCTGTTTGGCTATATTTCCGATAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGgcg < 1:504521/251‑1 (MQ=255) cTGTTTGGCTATATTTCCGATAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGgcgc > 1:40527/1‑251 (MQ=255) atatTTCCGATAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCTGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGcc < 1:619999/251‑1 (MQ=255) 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aaaaTGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATTACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTatg > 1:270754/1‑250 (MQ=255) cATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGGGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGAGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAggcg > 1:462969/1‑251 (MQ=255) tGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCt > 1:215991/1‑251 (MQ=255) 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ggCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTCTGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTggg > 2:102624/1‑251 (MQ=255) gATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAgcg < 1:549944/251‑1 (MQ=255) atatCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAgcgc < 1:106016/251‑1 (MQ=255) 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gaTGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCtgtt < 1:482580/251‑1 (MQ=255) tCCCCCGTCGAACTGTTGGCGATGCGGGTACTTATCGGCATTGCCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGCTCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGgtgattttgat > 2:419761/1‑251 (MQ=255) cTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCACTGTTTGTTGTTTTTGATTGGTCGATTCg > 2:154120/1‑250 (MQ=255) 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aTCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTg < 2:126722/251‑1 (MQ=255) tCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCCGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTCCTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGCTTTTGATTGGTCGCTTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTCCGc > 2:146545/1‑251 (MQ=255) cATCGGTGCAGCATATCCCATAGCCACCTCATTGATCACCGAGTTCTCCAGTCCCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATAGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGCCCTGCACCGATCTGGCCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGAACCCCTGTTTGTTGCTTTTGTTTGGTCGTTTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTACGc > 2:379163/1‑250 (MQ=255) 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GTTCGTTGGCACATCGCTGTTTGGTTATATTTCCGATAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGTGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTACGCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATCAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATGAAGAGCAGCCGCA > NC_000913/46004‑46492 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |