| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 26,534 | T→C | S86S (AGT→AGC) | ispH → | 4‑hydroxy‑3‑methylbut‑2‑enyl diphosphate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 26,534 | 0 | T | C | 98.9% | 281.2 / NA | 93 | S86S (AGT→AGC) | ispH | 4‑hydroxy‑3‑methylbut‑2‑enyl diphosphate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (50/42); total (50/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
CCCGCGTGGTTTTTGTGCCGGGGTAGACCGCGCTATCAGCATTGTTGAAAACGCGCTGGCCATTTACGGCGCACCGATATATGTCCGTCACGAAGTGGTACATAACCGCTATGTGGTCGATAGCTTGCGTGAGCGTGGGGCTATCTTTATTGAGCAGATTAGCGAAGTACCGGACGGCGCGATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGTGACCAAAGTGCATATGGAAGTCGCCCGCGCCAGTCGCCGTGGCGAAGAATCTATTCTCATCGGTCACGCCGGGCAC‑CCGGAAGTGGAAGGGACAATGGGCCAGTACAGTAACCCGGAAGGGGGAATGTATCTGGTCGAATCGCCGGACGATGTGTGGAAACTGACGGTCAAAAACGAAGAGAAGCTCTCCTTTATGACCCAGACCACG > NC_000913/26297‑26780 | cccGCGTGGTTTTTGTGCCGGGGTAGACCGCGCTATCAGCATTGTTGAAAACGCGCTGGCCATTTACGGCGCACCGATATATGTCCGTCACGAAGTGGTACATAACCGCTATGTGGTCGATAGCTTGCGTGAGCGTGGGGCTATCTTTATTGAGCAGATTAGCGAAGTACCGGACGGCGCGATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGACgg > 1:419454/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |