| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 16,981 | G→A | noncoding (30/59 nt) | sokC → | small regulatory RNA antitoxin SokC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 16,981 | 0 | G | A | 95.8% | 59.2 / ‑5.9 | 24 | noncoding (30/59 nt) | sokC | small regulatory RNA antitoxin SokC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (18/5); minor base T (1/0); total (19/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
TACTCGGATTCGTAAGCCGTGAAAACAGCAACCTCCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGC‑TCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTC‑TTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTA > NC_000913/16752‑17223 | tACTCGGATTCGTAAGCCGTGAAAACAGCAACCTCCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGC‑TCTCTTCTCCTTGACCTTTCGGTCAGTAAGAGGCACTCTACCTGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGATAGTAAAATATCACTCGGGGCtt > 1:484162/1‑251 (MQ=255) gATTCGTAAGCCGTGAAAACAGCAACCTCCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGC‑TCTCTTCTCCTTTACCTTACGGTCCGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGATAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTc‑tct > 2:343961/1‑251 (MQ=255) aaCCTCCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGCTCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGC‑TCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGATAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTg > 2:237777/1‑251 (MQ=255) tCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGACTTTTCTCGTTACCAGCGCTGCCACTACGGCGGTGATAAAGATGACGATCAGGGCGACAATCCTCGCCTTATGCTGCTTCCATGC‑TCTCTTCCCCTTGACCTTACGGTCAGGAAGAGGCACTCTCCATGGGTTCCGCATATAGGGGGCCTCGGGGTGATAGGAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGagac > 1:554746/1‑247 (MQ=255) cTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGCTACAGCTGACGATAAGGGCGCCAATCATCGCCTTATGCTGATTCATTGC‑TCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCCGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGATAGTAAAATATCAATAGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCtct > 1:388717/1‑249 (MQ=255) tctcGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGGAAATCATCGCCTTAAGCTGCTTCAATGC‑TCTCTTCTCCTTGACCTTACGGACAGCAAGAGGCACCCTACATGTGCTGAGCATATAGGGGGACTCGGGATGATAGGAACATATCACTCTGGGACTTTC‑TCTATCTGCCGTTCCGGTAATGCCTGAGACATATAGCCTCCAGCACCCGCCGCTATTATCTCgtttttttt > 1:608440/1‑243 (MQ=255) tACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATAAAGATGAAGAACAGGGAGACAAACAACGCCTTATTCTGCTTCAATGA‑TCTCTTCTCCTTTACCCTACGGTCAGTAAAAGGCACTCTACATGTGGTCCGCCTAAATGGGGCCTCGGGTTGGTTGTAAAATATCACTCAGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGAAAGACTCAATCACCCGCCGCTATTATATCTCTCCCCTTTAAccc > 2:445256/1‑251 (MQ=255) ggctccgccACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCGGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTGCATTGC‑TCTCTGCTCCGTGACCTTACTGTCAGTAATAGTCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGATAGTAAAATATCa < 2:306943/153‑1 (MQ=255) aGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCCCCTTATGCTGCTTCCTTGC‑TCTCTTCTCCTTGAACTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGATAGTAAAATATCa > 1:306943/1‑157 (MQ=255) gATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGC‑TCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGATAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTCTCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTC‑TTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGAc > 1:254263/1‑251 (MQ=255) aTGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGA‑TCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGATGATAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTTAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTC‑TTTAACCCCTTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTgtcgacg > 2:476368/1‑245 (MQ=255) tCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGC‑TCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGATAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTC‑TTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGc > 1:216223/1‑250 (MQ=255) cGACAAACACCGCTTTATGCTGCTTC‑TTGCCTCTTTTCCCCTTGCCCTTACGGTAAGAAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATAAGGGGGGCCGGGGTTTGAAAATAAAATATCCCCGGGGGCTTTTC‑TTTTTCTGCCGTTCAGCTAAGGCTGGAGACATATAGCCTCAACCCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTC‑TTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTtg < 1:263560/251‑1 (MQ=255) gACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGC‑TCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGATAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTC‑TTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTtgt > 1:591731/1‑251 (MQ=255) atcctgctTCTTTTC‑TCCCTTCCCCTTGCCCTTGGGGTAGGTAAGAGCCACTCTACTTGTTTTCAGCATAGAGGGGGCCTCGGGTGAATAAAAAAATATCAC‑CGGGGGTTTTCCTTTCCCTCCCGTTCATTTAATGCCTGAAACAGACAGCCTAATGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTC‑TTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTaa < 2:431476/248‑1 (MQ=255) gctgctTCATTGC‑TCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGATAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTC‑TTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATg > 1:205211/1‑251 (MQ=255) gctttcttttc‑tctctTCTCCTTGTCTTTACGGTAATTAAGAGCCCCTCTACATTTGTCCAGCATATGGGGGCCCTGGGGTTAATAGTAAAATATCCCTCGGGTTTTTTC‑TCTATCTGCGGTTCACCTAATCCCGGAGACAGATACCCACAAGCATCCGCCGCTATTATATCGCTCTC‑TTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGAt < 1:13536/241‑1 (MQ=255) tGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGATAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTC‑TTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAAttt > 1:209526/1‑250 (MQ=255) aCCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGATAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTC‑TTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATCTAtc > 1:5222/1‑251 (MQ=255) ggTCAGTAAGAGGCACTCTACTTGTGTTCGGAATAAAGGGGGCCGCGGTTTGAAAGTAAAATTTCCCGCGGGGTTTTTT‑TCTATCTGCCGTGCAGCTAAGGCCGGAAACAGAAACCCACAATCGTCCGCCGCTATTATATCGCTCTC‑TTTAACCCAGTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTAAATTATTTAACTTTAATTTATCTCtttat < 1:269246/251‑4 (MQ=255) aaGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGATAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTC‑TTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAatt > 1:291636/1‑251 (MQ=255) tACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGATAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTC‑TTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACa > 1:51532/1‑250 (MQ=255) tCGGGTTGATAGTAAAATATCCCTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTC‑TTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGACGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGCTTATTTTTGAAATCTTgtcc > 2:124606/1‑248 (MQ=255) ggTTGATAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTC‑TTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTa > 1:24580/1‑250 (MQ=255) | TACTCGGATTCGTAAGCCGTGAAAACAGCAACCTCCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGC‑TCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTC‑TCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTC‑TTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTA > NC_000913/16752‑17223 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |