| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,640,908 | G→T | intergenic (+137/‑34) | ytjE → / → yjtD | protein YtjE/putative tRNA/rRNA methyltransferase YjtD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,640,908 | 0 | G | T | 93.0% | 126.8 / NA | 43 | intergenic (+137/‑34) | ytjE/yjtD | protein YtjE/putative tRNA/rRNA methyltransferase YjtD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base T (23/17); total (23/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.24e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTAATAATCCAACTAGTTGCATCATACAACTAATAAACGTGGTGAATCCAATTGTCGAGATTTATTTTTTATAAAATTATCCTAAGTAAACAGAAGGATATGTAGCATTTTTTAACAACTCAACCGTTAGTACAGTCAGGAAATAGTTTAGCCTTTTTTAAGCTAAGTAAAGGGCTTTTTCTGCGACTTACGTTAAGAATTTGTAAATTCGCACCGCGTAATAAGTTGACAGTGATCACCCGGTTCGCGGTTA‑TTTGATCAAGAAGAGTGGCAATATGCGTATAACGATTATTCTGGTCGCACCCGCCAGAGCAGAAAATATTGGGGCAGCGGCGCGGGCAATGAAAACGATGGGGTTTAGCGATCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGACATTGGCTGAATCGTTACACGATG > NC_000913/4640666‑4641152 | tttAATAATCCAACTAGTTGCATCATACAACTAATAAACGTGGTGAATCCAATTGTCGAGATTTATTTTTTATAAAATTATCCTAAGTAAACAGAAGGATATGTAGCATTTTTTAACAATTCAACCGTTAGTACAGTCAGGAAATAGTTTAGCCTTTTTTAAGCTAAGTAAAGGGCTTTTTCTGCGACTTACGTTAAGGATTTGTAAATTCGCACCGCGTAATAAGTTGACAGTGATCACCCTGTTcgcg < 1:300487/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |