| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,639,303 | T→C | C376R (TGC→CGC) | creD → | putative inner membrane protein CreD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,639,303 | 0 | T | C | 94.7% | 140.2 / ‑4.0 | 57 | C376R (TGC→CGC) | creD | putative inner membrane protein CreD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (24/30); minor base G (3/0); total (27/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
CGACTAAGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATACCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGATAATGAACGGTATTTATTTGCAAGCGGTATTGAAAGGTTGGTGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCTGGCCGGCATGATGTTTGTGACCCGTAATATCGACTGGTATGCGTTTTCACTGCCGAAAATGAAAGCCAGTAAAGAAGTTACAACGGACGATGAGTTACGTATCTGGAAATAAGGTTGAAAAATAA > NC_000913/4639061‑4639543 | cGACTAAGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGc < 1:441824/251‑1 (MQ=255) gctgATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTcgcg < 1:557990/250‑1 (MQ=255) cTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGGGCAACAGCATGTTGTTTTACCTCGCGCTGTTGTTGCt > 2:17349/1‑251 (MQ=255) tatggctgtCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGgt < 2:6935/242‑1 (MQ=255) tttttGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGAGGGGGTGATGTGGGGTCTg > 1:324006/1‑251 (MQ=255) aaaCGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCCACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGGGTGATGTGGGGACTGCTCAAc > 1:349870/1‑251 (MQ=255) accGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTTGCGCACCAGCATGTTGTTTACCCCCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGGGTGATGTGGGGACTGATCAAcc > 2:123981/3‑250 (MQ=255) cGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAAAGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAActct < 2:482898/251‑1 (MQ=255) ccccGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGc < 2:189617/247‑1 (MQ=255) aCCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGCGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGCTAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACCGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCg > 1:219120/1‑250 (MQ=255) 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aTGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCCACTCTGCCGTTAGCGCGCTGTTGTTggggac > 2:193914/1‑248 (MQ=255) aTGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGGGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAAc > 1:426933/1‑251 (MQ=255) cTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGACAGGCTGGCGCAACAGCATGTTTTTTACCCTCGCGGTTTTGTTGCTGGATGGGGTGGTGGGGGGGCTGGTCACATCTGCCGTTATCGCGCTGTTGTTGGGGACCAGGGTGCtggg > 2:471639/1‑250 (MQ=255) ggtggGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCtggtgg < 1:12985/251‑1 (MQ=255) gtggGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTTGTGCTTGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATGGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTTTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCtggtggt < 1:306945/251‑1 (MQ=255) ttCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCt < 1:220106/249‑1 (MQ=255) aTGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGAATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCCCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGGTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGGGGGGGCGCTGGCCGGCatgat > 1:45093/1‑251 (MQ=255) aTTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGATTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTCATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGCAAGGCTGGGGCCACAGCATGTTCTTTACCCCCGCGGTGTTGTTGCTGGGTGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCCGTTGGCTTGTGGTGGCGCTGGCCGGCCTGGTGTTtgtg > 1:242157/1‑251 (MQ=255) ttGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCTGGCCGGCATGATGTTTGTGAc > 1:197887/1‑251 (MQ=255) tGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGGTGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTTGGAAc > 1:489445/1‑208 (MQ=255) tGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAAc < 2:489445/208‑1 (MQ=255) ctTGCTGTCGCTTTCTTAACATATCGGTTTTACCGTTGCATTGATAATCGCCGTTCTGATTGGGGCGTTAATTAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCATCTTCATGTTGGTTACCCTCTCGCTGTTTTTGCTGGATGTTGTGATGTGGTAACTGCTCATCTGTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCTGGCCGGCATGATGTTTGTGActcg < 1:316425/249‑4 (MQ=255) ttGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGGGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGGGCTGGCCGGCATGATGTTTGTGACTCGTa > 1:391128/1‑250 (MQ=255) gAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCTGGCCGGCATGATGTTTGTTACTCGTAATATCGACTGGTATGc < 2:391128/251‑1 (MQ=255) gAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCTGGCCGGCATGATGTTTGTGACTCGTAATATCGACTGGTAt < 1:309403/249‑1 (MQ=255) tACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTATGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCTGGCCGGCATGATGTTTGTGACTCGTAATATCGACTGGTATGCGTTTTCACTGCCg < 2:197887/250‑1 (MQ=255) ggCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGGGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGGGTGCTGGGGGGGGGGCTTGCCGGCATGTTGTTTGTGACTCGTAATATCGACAGGGTTGCGGTTTCACTGCCCaaactg > 2:543438/1‑247 (MQ=255) aTGGATAATCGCCATGCTGAGTTGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCTCTGTTGTTGGGAACCATTGTGCTGGTGGTGGCGCTGACCGGCATGATGTTTGTGACTCGTAATATCGACTGGTATGCGTTTTCACTGCCTAAAATGAAAg < 1:553631/251‑1 (MQ=255) aTGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGTTGGCGCTgg < 2:458265/188‑1 (MQ=255) aTGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCTgg > 1:458265/1‑188 (MQ=255) ggATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTAACCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCCACTCTGCCGCTAGCGCGCTGGTGTTGGGGACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCTGGCCGGCATGATGTTTGTGACTCGTAATATCGACTGGGATGCGTTTTCACTGCCGAAAATGaaaacc > 2:527758/1‑248 (MQ=255) ggATAATCGCCAGGATGATTGGGTCGGTAATGAGCGGTAGTTATTTGTAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTTCCCGCTCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAGCCAGTGTGTGGGTGGTTGCGCTGGTCGGCATTGTGTATATGTCTCGTAATATCGACTGGTATGCGGTTTCACTTCCTAAAAGGAAAGcc < 2:329079/251‑1 (MQ=255) gATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGGGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCTGGCCGGCATGATGTTTGTGACTCGTAATATCGACTGGTATGCGTTTTCACTGCCGAAAATGAAAGcc > 1:332873/1‑250 (MQ=255) 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CGACTAAGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATACCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGATAATGAACGGTATTTATTTGCAAGCGGTATTGAAAGGTTGGTGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCTGGCCGGCATGATGTTTGTGACCCGTAATATCGACTGGTATGCGTTTTCACTGCCGAAAATGAAAGCCAGTAAAGAAGTTACAACGGACGATGAGTTACGTATCTGGAAATAAGGTTGAAAAATAA > NC_000913/4639061‑4639543 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |