| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 971,128 | 0 | G | T | 75.3% | 111.7 / 36.3 | 73 | V93L (GTG→TTG) | kdsB | 3‑deoxy‑manno‑octulosonate cytidylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/10); new base T (28/27); total (36/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCACGCGTCTGCCCGGTAAACCATTGGTTGATATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGA‑TGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCCTGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACC‑TCGCTCAGCGTCAGGTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTGGGATCGTGATCGTTTTGCAGAAGGCCTTGAAACCGTTG > NC_000913/970889‑971374 | ccACGCGTCTGCCCGGTAAACCATTGGTTGATATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGA‑TGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGTTGATCGTTAAt < 1:59208/251‑1 (MQ=255) cgTCTGCCCGGTAAACTATTGGGTGACATTAACAGCAATCACTTGATGTTTTATGTCCTTGAACGCTCGCGTTAATCAGGTGCCGAGTGCATCATCGTGGCCACCGATCATGAGTACTGT‑GCCCGCGCCGCTGAAGCCGCTGGCGGTTAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGTCATGAACAGAACGGCTGACGTAATTTGTCGAAAAATGCGCATGCAGCGACGACACGTTGATCGTTAAtgtgta < 2:7194/251‑3 (MQ=255) ggTAAACCATTGGTTGATATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGA‑TGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGAATGTATGACGCGCGCCGATCATCTGTCAGGAACAGAAAGTCTGGCGGAAGTTGGCGGAAAATGCGCATTCAGCGACGACCCGTTGATCGTTAATGTGCAGGGtgatg > 2:406605/1‑250 (MQ=255) aaCCATTGGTTGGTATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGA‑TGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATTACGCGCGCCGATCATCAATCAGGAAAAGAACGGCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGAGACGAAACGGAGAGCGTTGATGAGCAGGGGGATGAACCg > 1:80400/1‑251 (MQ=255) aCCATTGGTTGATATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGA‑TGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGCAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGTTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCg > 1:51799/1‑250 (MQ=255) ggTTGATATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGA‑TGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGTTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATcc < 1:602632/251‑1 (MQ=255) aaCGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGCGCCGAGCGCATCATCGTCGCAACCGATCATGAGGA‑TGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGAGGAGGCTGTATTACGCGCGCCGCTCATCAGTCAGGCACCGAAAGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAACTGCGCATTCAGCGACGACACGTTTATCGTTCATGTGCAGGGAGATGAAACGAGTATCCCTGCGCCaac > 2:232158/1‑250 (MQ=255) 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CCACGCGTCTGCCCGGTAAACCATTGGTTGATATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGA‑TGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCCTGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACC‑TCGCTCAGCGTCAGGTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTGGGATCGTGATCGTTTTGCAGAAGGCCTTGAAACCGTTG > NC_000913/970889‑971374 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |